人体内寄居者数百亿的共生细菌，而每个人身上的细菌又各有不同。在这之中，微生物发挥了重要的作用，它可以帮助人体消化，维生素合成以及加强宿主防御能力。有种说法认为，失去细菌共生体将有促进过敏症状的发展。巴斯德研究院的科学家成功解释了这种现象，并发现了微生物如何保持免疫系统平衡的过程：针对性细菌的出现，可阻碍免疫细胞产生过敏应答。该研究结果发表于2015年6月9日《科学》（Science）杂志。

卫生学认为，将工业化国家中出现的感染性疾病发生率下降和过敏性疾病发生率上升之间必有某种联系。逐步提高的卫生水平必然减少了个人与微生物的接触，而同时过敏现象和自身免疫性疾病的发生率却增加，例如1型糖尿病。

流行病学的研究证实了这个猜测。他们让儿童与农场动物接触，并因此携带更多的微生物制剂，最终发现这些儿童很少出现过敏反应。相反，实验研究表明，当老鼠被注入抗生素之后，出现微生物减少，紧接着过敏现象增加的状况。

但是，直到现在，有关导致这种现象的生物学原理还不清楚。这项发表于《科学》杂志上的研究由 Gérard Eberl（巴斯德研究院微生物环境和免疫单元负责人）主持，并表示共生的肠道微生物在阻止免疫系统产生过敏反应上有着重要作用。

为了抵御微生物，会出现各种不同的免疫应答。而细菌或者真菌的出现，将刺激3型免疫细胞做出应答。这些免疫细胞会联合吞噬作用将微生物消灭。但是，由于致病微生物（比如肠道寄生虫，某些过敏原）太大以至于3型免疫细胞无法应对之后，某些细胞会组织起来将致病微生物清除，并阻止过敏反应的发生，而这些细胞被称作2型细胞。

巴斯德研究院的科学家表示微生物进攻时3型细胞被激活，并直接作用于2型细胞并阻碍它们的活性。2型细胞最终无法产生过敏免疫应答。这个研究表明微生物可以用非直接的方式通过诱导3型细胞，调节2型免疫应答。

这些结果解释了微生物群的不平衡状态如何诱导2型免疫出现强烈的应答反应，而这种反应常常用于应对大型寄生虫，同时也会刺激过敏应答。

这些发现在理解不同防御机理的平衡上，是一个重要的里程碑。就过敏治疗而言，卫生学认为，可以模仿微生物致病菌来刺激3型细胞的免疫反应，以此来阻碍2型细胞诱导的过敏反应，而这个方法，还未曾尝试。