上海市结核（肺）重点实验室是依托于同济大学附属上海市肺科医院，于二○○四年十二月经上海市科委批准成立的。其前身是上海市肺科医院结核基础实验室。该实验室成立于二○○一年，历经四年的快速发展，取得了显著进展。
该实验室由结核基础实验室、结核病研究室、分枝杆菌室三部分组成，涵盖结核病研究的基础、临床和检验三个方面。实验室研究人员中具有高级职称者4名、中级职称者6名、初级职称8名；具有硕士及以上学位者6名；其中博士生导师1名、硕士导师2名。
实验室设主任一名、副主任二名。首届实验室主任由胡忠义教授担任，肖和平教授和乐军副教授任实验室副主任。实验室同时设有学术委员会。首届学术委员会由13名结核病预防控制的专家和传染病、流行病学专家组成。庄玉辉研究员任首届学术委员会主任委员。2007年4月，新一届学术委员会组成，分别由中国科学院赵国屏院士和国家疾病预防控制中心副主任刘剑君担任学术委员会正、副主任委员。
实验室拥有结核病细菌学、分子生物学研究所需的基本仪器和设备（如生物安全柜、高速冷冻离心机、超低温冰箱、凝胶图像分析仪、PCR扩增仪等）；还具有国际最先进的结核病基因诊断、菌种鉴定检测仪Gen-Probe、分枝杆菌快速培养和药敏检测仪、焦磷酸测序系统Pyrosequencing等。
此外，实验室拥有分枝杆菌菌株库，库存有大量结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌临床分离株及其相关背景资料。
目前实验室主要围绕国际结核病研究的二个焦点――结核病实验室快速诊断及耐药性测定技术研究。
近年来，实验室已与复旦大学遗传所、复旦大学附属华山医院传染病研究室、复旦大学公共卫生学院流行病教研室、中国科学院微系统与信息技术研究所、国家药品生物制品检定所菌苗室、香港大学微生物学教研室、第二军医大学微生物学教研室、上海生物制品研究所以及国内的一些生物技术研究公司或企业建立了友好合作关系。