2.提取方法
(1)用聚蔗糖-泛影葡胺梯度法从血液或培养细胞分离的单核细胞(当PBC〈10%细胞数时用此程序)
①将细胞样品用PBS稀释至10ml,置15ml锥形离心管中;
②100×g离心2~5min,吸去上清;
③细胞再悬浮于10ml PBS中重新离心洗涤;
④沉淀物悬浮于溶液2中,使细胞浓度约为6×106/ml,移至1.5ml管中;
⑤50~60℃保温1h;
⑥95℃保温10min使蛋白酶变性;
⑦冷冻储存。
如果RBC多于细胞的10%,则用PBS洗1次(步骤1,2)后,悬浮于1ml溶液3,并转移至1.5ml离心管中,如程序B-2离心1次,再悬浮于溶液2中按程序A-4继续进行。
(2)全血:此法使胞膜溶解故胞浆DNA丢失,约可得20μg DNA/0.5ml血。
①0.5ml全血与0.5ml溶液3共置1.5ml管中;
②13000×g离心20s;
③吸去上清,加1ml溶液3,旋涡混合使沉淀重新悬浮;
④重复第2,3步2次;
⑤13000×g离心2s,吸去上清,悬浮于0.5ml溶液2中;
⑥按程序A5~7步进行。
(3)拭子
①用PBS预温的试子从宫颈、阴道或阴茎采样;
②拭子置入2ml PBS(含抗霉剂)于15ml离心管中,室温可保存24h,置4℃可保存更长时间。也可用旋涡混合器振荡使细胞加速游离;
③取去拭子,2000~13000×g离心5min,吸去上清;
④如含RBC则加1ml溶液3,转移至1.5ml E管中,按程序B-2开始进行;
⑤如不含RBC则加溶液2,按程序A-4进行。
(4)头发
①拔下头发,剪下头发近端0.5cm段;
②置入0.4ml溶液2中(1.5ml管);
③按程序A5~7步进行,用50μl体系作PCR。
(5)血细胞RNA用焦碳酸二乙酯(DEP)抑制RNase,NP-40溶胞但不溶核。
①用聚蔗糖-泛影葡胺或其它方法分离单核细胞;
②置2ml离心管中,加PBS至细胞中,500×g离心5min;
③配制(DEP)溶液用无水乙醇将DEP作9+1稀释,再用NP-400.5%作1:999稀释(抑制RNase);
④细胞沉淀中加200~400μl此溶液,旋涡混合;
⑤13000×g离心10s;
⑥上清转移至新管中,37℃保温20min,90℃,10min;
⑦离心,上清转移至新管。取5~10μl作反转录;
⑧如果反转录失败,可能因DEP残留,可将样品再在90℃加热5min,再做试验;
⑨本法也可用于培养细胞。
二、注意事项
PCR只需几个DNA分子作模板就可大量扩增,应注意防止反应体系被痕量DNA模板污染和交叉污染,这是造成假阳性最大的可能。下例可形象说明污染的严重性。
典型的PCR反应可在100μl反应液中扩增1012个DNA,此液倾入50nm×25m×2m的游泳池中,充分混合取0.1ml池水,其中含有40个分子的DNA,用PCR扩增即已可呈阳性,这一点对检测HIV更为重要。常规只要15个拷贝的核酸即可查出。假阳性结果往往来自痕量污染和交叉污染,尤其在待扩增靶序列浓度低的情况下,更有必要采取防备措施。
(1)DNA处理最好用硅烷化塑料管以防粘附在管壁上,所有缓冲液吸头、离心管等用前必须高压处理,常规消耗用品用后作一次性处理,避免反复使用造成污染。
(2)PCR在超净台内进行,操作前后紫外灯消毒。
超净台内设内供PCR用微量离心机、一次性手套、整套移液器和其它必须品;移液品用一次性吸头和活塞的正向排液器,防止移液器基部污染。
(3)PCR操作应戴手套并勤于更换。
(4)成套试剂,小量分装,专一保存,防止它用。配制试剂用新器具,用后作一次性处理。
(5)试剂管用前先瞬时离心(10s),使液体沉于管底,减少污染手套与加样器机会。
(6)最后加模板DNA(包括在石蜡油后),马上盖好,混匀,瞬时离心(10s),使水相与有机相分开。加入模板且忌喷雾污染,所有非即用管都应盖严。加模板DNA后应更换手套。
(7)实验设阳性、阴性对照。