黑龙江省生物医药重点实验室--省部共建国家重点实验室培育基地遵循“开放、流动、联合、竞争”的方针，从实验室人事、财务、分配等方面按照国家重点实验室建设的要求，建立了适应现代科研活动的运行管理制度。具体内容如下：
（一）实验室接受国家科技部和黑龙江省科技厅的政策性指导，依托哈尔滨医科大学管理，从事科学研究、学科建设、人才培养等任务。
（二）本实验室在国家科技部和黑龙江省科技厅批准的情况下，实行边建设、边开放的模式。实验室建设从实际出发、统筹规划、合理设置。做到建筑设施、仪器设备、技术队伍和科学管理协调发展，提高投资效益。
（三）实验室主任实行聘任制。本实验室为相对独立的科研实体，实验室主任全权负责实验室的工作，任期由主管部门决定。主管部门对在任职期间需外出超过半年以上的实验室主任，将做及时调整。
（四）实验室实行主任负责制。由实验室主任提名，聘任实验室副主任、学术秘书和行政秘书。
（五）学术委员会是实验室的学术指导机构。实验室设独立的学术委员会，其主要职能是审议实验室的目标、任务和研究方向，审批开放研究课题，审议实验室的重大学术活动、年度工作。学术委员会会议每年至少召开一次。
（六）资源共享。除重点实验室本身的仪器设备外，尚可利用哈尔滨医科大学校内所有设备。除申请国家、省级科研课题和利用好实验室运转经费外，采取和企业搞横向合作、共同开发以及委托课题培养人才等方式多方面筹集经费。利用哈尔滨医科大学多学科分布的特点，充分发挥人才优势。
（七）科技人员编制。按照《稳定和吸收优秀中青年人才的措施》稳定实验室的固定技术队伍，以保证实验室的开放与运行。
（八）引用竞争和淘汰机制。对于连续三年无国家课题、无在国外有影响杂志发表文章或发表文章影响因子低于3的固定人员实行淘汰制。
（九）聘请国内外知名学者或学术上有潜力的中青年学者任客座研究员，并在经费上给予资助。努力吸收和培养青年科技人员，努力吸收有成就的出国留学、进修人员回国参加工作。聘用人员在工资、待遇和住房等方面都给予政策性倾斜。
（十）国际合作。积极开展多种方式的国际合作和学术交流，邀请国外知名学者担任实验室的学术委员会成员、顾问或从事合作研究，同国外有关单位联合办实验室，联合培养人才