1、根据《国家重点实验室建设管理暂行办法》和《关于省部共建实验室有关规定的通知》的有关规定，实验室设实验室主任1名，副主任1名。实验室主任应是本领域高水平的学术、学科带头人，具有较强的组织管理和协调能力，年龄一般不超过六十岁。实验室主任由山东农业大学推荐，山东省科技厅聘任，报科技部备案。副主任由主任提名，山东农业大学聘任。
2、实验室实行学术委员会领导下的主任负责制。学术委员会根据重点实验室建设的要求，对实验室的发展方向、总体目标、具体任务等提出建设意见，做出决策。实验室主任负责组织实施。主任对实验室科学研究、学术交流、财务、专职人员聘任、研究生教育、资产、行政后勤、安全卫生等实行统一管理。实验室内一切重大事宜均须经实验室主任或副主任同意方可实施。
3、实验室下设4个研究室，分别是：
（1） 作物生理生态研究室
（2） 作物发育分子生物学研究室
（3） 作物遗传改良研究室
（4） 作物基因工程研究室
4、每个研究室设1-2名研究室主任，由实验室主任聘任或指定，其职责是协助实验室主任管理各研究室。
5、每个研究室设2-3个课题组。每个课题组设1名课题组组长，由研究室主任指定，其职责是协助研究室主任管理各课题组。
6、根据《国家重点实验室建设管理暂行办法》和《关于省部共建实验室有关规定的通知》的有关规定，实验室主任基金在运行补助费中列支，由实验室主任管理，主要用于支持具有创新思想的课题、新研究方向的启动和优秀年轻人才的培养。
7、实验室办公室协助主任、副主任处理日常事务。
8、本实验室设立学术委员会，负责审议实验室的研究方向、课题指南、基金评定以及其他重大学术事宜