第一章 实验室性质
第一条 国家重点实验室是国家科技创新体系的重要组成部分，是国家组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科学家、开展学术交流的重要基地。本实验室从事土壤科学基础和应用基础研究，服务于农业可持续发展。
第二条 实验室实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，实行依托单位领导下的主任负责制。
第三条 本实验室的研究方向是：为了保障我国粮食安全、提高土壤生产力和改善生态环境质量，发展土壤及其相关学科，研究高强度人为活动下土壤资源的演变规律和退化防治措施，建立土壤资源信息系统，实现土壤资源数字化管理；研究土壤养分供应与植物营养调控原理和方法，建立水肥高效利用与农业清洁生产技术体系；研究土壤污染及其修复理论和技术，保障土壤环境质量；研究土壤利用与环境变化的关系，探索农业与环境协调的发展模式。
第四条 国家科技部是本实验室的宏观管理部门。
第五条 本实验室依托于中国科学院南京土壤研究所，主管部门为中国科学院。依托单位和主管部门支持实验室的建设和发展，指导实验室的运行和管理。主管部门任命实验室主任和学术委员会主任；拨发、配套有关经费。
第二章 实验室人员构成和组织结构
第一条 实验室包括固定人员、实验室课题组聘任人员、流动人员和客座人员。
1. 固定人员：进入中国科学院南京土壤研究所知识创新工程岗位，编制在本实验室的人员为固定人员。
2. 实验室课题组聘任人员：实验室各课题组根据研究工作需要自行聘任并经研究所批准的人员。
3. 流动人员：实验室各课题组聘任的博士后、实验室固定人员指导的博士研究生和硕士研究生。
4. 客座人员：在实验室进行合作研究的国内外研究人员，非实验室编制但在本实验室执行实验室资助课题的研究人员。
第二条 实验室组织结构
1. 学术顾问组：由本实验室的院士和在职的资深科学家组成学术顾问组，指导中青年科技人员的日常研究工作，参加学术委员会会议，但无投票权。
2. 研究团队：由同一研究方向的若干课题组组成研究团队。研究团队是争取重大科研成果、发展土壤学分支学科的基本力量。研究团队设负责人1名，具体协调和落实研究团队的研究任务。
3. 课题组：课题组是实验室的基本研究单位。课题组由进入中国科学院南京土壤研究所创新岗位的研究员和2-3名副高级和中级研究人员及若干流动人员组成。课题组设课题组长1名。课题组长按照有关规定负责课题组人员的招聘与解聘。
4. 仪器分析中心：仪器分析中心负责实验室大型仪器的管理、运行、分析质量控制、研究生仪器分析课程、仪器分析技术培训等。
5. 根据任务需要：实验室可以建立临时工作小组。
第三章 实验室运行与管理
第一条 实验室主任： 实验室实行实验室主任负责制。实验室主任对本室的业务行政管理工作全面负责，落实实验室室务会议和实验室研究员会议讨论通过的决定，聘任课题组组长、业务秘书，组织业务考核等。根据讨论问题的性质，决定召开和主持实验室室务会议或研究员会议及全室人员会议。实验室设副主任若干名，协助实验室主任工作。在实验室主任外出或其他原因暂不能履行职责时，可委托一名副主任主持实验室日常工作。
第二条 实验室学术委员会：学术委员会是实验室的学术指导机构，主要任务是审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题。学术委员会由13-15人组成，其中所外委员不少于三分之二，设主任一名，副主任两名。学术委员会会议每年至少召开一次。
第三条 实验室室务会议：实验室主任、副主任和研究团队负责人为实验室室务会议参加人员，实验室秘书列席会议。室务会议的主要任务是讨论决定实验室运行、管理中的重大事务。
第四条 实验室研究员会议：讨论决定实验室运行和管理中具有普遍性和政策性的问题，参加人员为实验室全体研究员，实验室秘书列席会议。
第五条 各课题组负责人必须在年度开始时制订详细的工作计划，并向全室会议报告，由实验室备案。年度终结时，各课题组负责人要于学术委员会会议召开前，在全室会议上作年度总结报告，同时向实验室提交一份详细的书面报告。
第六条 研究团队负责人代表研究团队向学术委员会报告本研究团队的研究工作进展，如团队负责人因故不能报告时，可委托所在团队的一名研究员作报告。
第七条 实验室成果管理 对实验室完成的专著、论文、软件、数据库等凡需署完成人单位的研究成果均应署实验室名称。专利申请、技术转让、申报奖励等按国家有关规定办理。实验室名称标署：中文：土壤与农业可持续发展国家重点实验室，中国科学院南京土壤研究所；英文：State Key Laboratory of Soil and Sustainable Agriculture, Institute of Soil Science, Chinese Academy of Sciences。
第四章 实验室经费管理
第一条 实验室经费 指国家和主管部门（中国科学院）直接拨款的实验室运行管理补助经费和建设经费，依托单位南京土壤研究所运行支持费，实验室争取到的其它经费。
第二条 实验室经费使用范围
1、 资助开放课题；
2、 实验室仪器设备维持；
3、 研究所收取的实验室水电、房租；
4、 绩效奖励；
5、 优秀人才培养；
6、 日常运行管理；
7、 按有关规定，实验室聘任的非研究岗位人员的岗位补贴；
8、 经室务会议讨论决定的需要支出的其它费用。
第三条 实验室经费使用实行预算和决算制。实验室经费预算需经实验室研究员会议通过。实验室主任每年向实验室研究员会议作经费决算报告。
第四条 开放课题资助按照《实验室基金申请办法》执行。
第五条 实验室经费使用必须严格按照《实验室经费管理和使用细则》执行。
第五章 考核与评估
第一条 以《中国科学院南京土壤研究所知识创新工程各类人员考核条例》对实验室各类人员进行考核和评估，并作为实验室资源分配和奖励的依据。
第二条 实验室对各类人员进行年度考核，以两年考核的成绩作为决定人员淘汰的依据。
第三条 按照研究所考核条例，被淘汰出创新岗位者，自动脱离实验室编制。按照研究所考核条例脱离实验室编制人员未达到实验室人员流动比例时，在实验室编制人员内按研究所考核条例考核结果重新排列，按照实验室人员更新流动比例的要求，进行末位淘汰。