一、法规与机构
日本在1979年制定了《重组DNA实验管理条例》，开始生物技术的安全管理。所涉及的部门主要是科学技术厅、通产省、农林水产省和厚生省。
1、科学技术厅：依照《重组DNA实验准则》，负责审批试验阶段的重组DNA研究。
2、厚生省：依照《重组DNA准则》，负责对重组DNA技术生产药品和食品的管理。
3、通产省：依照《遗传工程体工业化准则》，对将重组DNA技术的成果应用于工业化活动进行管理。规定了在工业应用中的基本要求及条件，以确保有关利用重组DNA技术的安全，并促进该技术的合理应用。
4、农林水产省：依照《农、林、渔及食品工业应用重组DNA准则》负责管理GMO在农业、林业、渔业和食品工业中应用，包括：在本地栽培的GMO，或进口的可在自然环境中繁殖的这类生物体；用于制造饲料产品的GMO；用于制造食品的GMO。准则也适用于在国外开发的GMO。
二、安全评价和管理
农林水产省规定：任何个人或机构试图生产GMO，或出售这类生物用于工农业生产，或用于GMO生产有关物质（不包括以前已在自然环境中应用的），必须根据所用的受体、重组DNA分子和载体的特性对GMO进行全面的安全性评价。
应用转基因植物，首先要经过田间试验。田间试验肯定了安全性的转基因植物，才可以在开放系统中应用。
安全性评价所需要的资料包括应用转基因植物的目的，受体所属的生物学分类地位、应用的情况和在自然环境中的分布，繁殖特性和遗传特性；供体DNA是否已鉴定，其结构、来源及功能；载体名称、来源和特性；转基因植物的构建方法、转化方法及培育过程，重组DNA分子在受体中的位置、表达及稳定性，转基因植物和受体植物的异同，其繁殖、遗传及生理特性等。