产品介绍
DGGE是根据DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化，从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。具体而言，就是将特定的双链DNA片段在含有从低到高的线性变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶中电泳，随着电泳的进行，DNA片段向高浓度变性剂方向迁移，当它到达其变性要求的最低浓度变性剂处，双链DNA形成部分解链状态，这就导致其迁移速率变慢，由于这种变性具有序列特异性，因此DGGE能将同样大小的DNA片段很理想地分开，它是一种很有用分子标记方法。现已广泛应用于生物多样性调查、亲缘关系鉴定、基因突变检测等多个领域。
1）PCR-DGGE实验路线
前期确认阶段：试验样本类型，数量，引物，签订试验合作合同；
试验阶段：DNA提取，PCR扩增，变性梯度凝胶电泳，确认回收克隆条带；目的片段的克隆测序；（30个工作日）
数据分析：和客户详细沟通，确认分析方案：胶图分析（样本间或组间的聚类分析，PCA分析，灰度值分析，多样性指数分析）；序列分析（序列比对分析，结合图谱分析样本里边的优势种群分布情况，并进行系统发育树分析）；
目前已经进行的样本类型：土壤样本（森林，农田，池塘淤泥等）；肠道样本（鸡，鸭，鱼，鼠等）；粪便样本（昆虫，鼠，鸡，鱼，鸭，婴儿等）；污水处理材料（生物膜，高分子材料）；食品（如腊肉，火腿，鸡肉，茶叶等）沼池，不同处理前后水样，空气，酒曲等。
已经进行的菌群类型：常用细菌，真菌，古菌，产甲烷菌，产甲烷氧化菌，固氮菌，硝化细菌，反硝化细菌，氨氧化古菌等。
2）客户须知：
本公司需要签订技术服务合作合同；
本公司再试验结束后，如没要求，试验样本将统一销毁；
本公司不接受具有致病性和潜在危险的原始样本，此类样本请您提供样本DNA。
3）报价说明：
以15个原始样本进行30个克隆为例进行说明 |
| 单价（元） | 数量 | 合计 |
DNA提取 | 100 | 15 | 1500 |
PCR+纯化 | 20 | 15 | 300 |
跑胶 | 2500 | 1 | 2500 |
切胶 | 5 | 30 | 150 |
克隆 | 230 | 30 | 6900 |
分析 | 1500 | 1 | 1500 |
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| 12850 |
DGGE特殊引物 |
| 单价（元） | 数量 | 合计 |
DNA提取 | 100 | 15 | 1500 |
PCR+纯化 | 20 | 15 | 300 |
跑胶 | 2800 | 1 | 2800 |
切胶 | 5 | 30 | 150 |
克隆 | 230 | 30 | 6900 |
分析 | 1500 | 1 | 1500 |
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| 13150 |
4）常用引物信息：
测序类型 | | 引物名称 | 扩增长度 |
细菌16S rDNA | 常规（推荐） | 338F | 180bp |
GC338F |
518R |
细菌16S rDNA | 常规（推荐） | 341F | 585bp |
GC 341F |
926R |
细菌16S rDNA | 常规（推荐） | 341F | 566bp |
GC 341F |
907R |
细菌16S rRNA | 常规（推荐） | U968F | 433bp |
GC U968F |
L1401 |
真菌18S rDNA | 常规（推荐） | FR1 | 389bp |
GC-FR1 |
FF390 |
真菌ITS | 常规（推荐） | ITS1f | |
GC-ITS1F |
ITS4 |
ITS2 |
细菌16S rRNA | 常规 | AM1 | |
AM2 |
细菌16S rRNA | 常规 | BAC338F | 467bp |
GC BAC338F |
BAC805F |
古细菌16S rRNA | 常规（比较难做） | ARC787F | 272bp |
GC-ARC787F |
ARC1059R |
真菌18S rDNA | 常规（不常做） | fung | |
GCFung |
NS1 |
反硝化细菌nosZ | 功能菌 | nosZ-F | |
GC nosZ1622R |
反硝化细菌nirS | 功能菌 | cd3aF | |
R3cd-GC |
反硝化菌nirK | 功能菌 | FlaGu | |
R3Gu-GC |
硝化细菌AOB | 功能菌 | amoA 1F-GC | |
amoA 2R |
硝化菌 | 功能菌 | NirS1F | |
GC-NirS1F |
NirS3R |
氨氧化古菌 | 功能菌 | CrenamoA23f | 593bp |
CrenamoA616R |
氨氧化古菌AOA | 功能菌 | Arch-amoAF-GC | |
Arch-amoAR |
古菌 | 功能菌 | ARCH344F | 571bp |
ARCH344F-GC |
ARCH915R |
产甲烷古菌 | 功能菌 | 109F | 409bp |
518R |
产甲烷菌 | 功能菌 | Arch21F | |
1492r |
GC-340F |
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