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产品介绍

产品简介

        BioNumerics 7.6微生物分析软件是一款集数据存储与分析功能于一体的生物信息分析软件，集成多种统计及分析算法，实现多类型生物数据的聚类与挖掘分析。软件很好的满足了研究机构或诊断机构对不同的生物学数据进行分析的要求。这套软件系统已经得到了很多研究机构，包括疾控中心，大学，公共医疗中心，食品，药物和制药企业等各种实验室的认可。

        BioNumerics 7.6微生物分析软件是一款用户友好型、专为微生物全基因组分型设计的、专业的生物信息学技能即可使用的自动化数据分析解决方案，可以应用于暴发、耐药、毒力等细菌基因组分析中，已经被众多研究学者应用于细菌全基因组分型(如cgMLST)数据分析该软件可以处理微生物 NGS和Sanger 序列数据，软件包含从测序原始数据导入，拼接及分析的一系列自动化工具，因此微生物学者可以将NGS全基因组测序技术和 Ridom SeqSphere+ 软件自动化数据分析解决方案应用于微生物全基因组分型的日常研究工作中。

APPLICATION MODULES 应用模块

• Fingerprint Types 指纹类型 

        可以对凝胶图谱、自动测序仪数据、实验芯片系统的电泳指纹图谱等进行标准化处理和分析，如PFGE、MALDI光谱数据的预处理和分析；同时该模块也被应用于AFLP、RFLP、RAPD、REP-PCR、ARDRA、IEF、DGGE、TGGE等技术方法和实验数据分析中。用户可以创建一个凝胶电泳（PFGE）实验类型，根据实验需求设定biomark，标记分子量，自动搜索条带，进行条带相似度的设置，相似系数和聚类分析等。模块一个重要的创新是可以根据参考系统对条带的位置，图像进行即时的标准化处理，可以自动把参考系统的参考值映射到其它任何图谱上。这样，在不同条件下用不同的参考标记生成的图像，把它们放在一起显示，条带可以匹配在一起。

• Character Types 特征类型

        用特征字符型数据，用户可以定义任何特征字符；利用矩阵类型数据，可以导入外部的相似矩阵或距离矩阵。在多位点VNTR分析（MLVA）中，该模块提供了自动化的分析流程；特征类型的例子还包括脂肪酸数据矩阵，代谢消化或酶活性检测，包括抗生素耐药谱、API、Biolog、Vitek、形态学和生化特性、微阵列和基因芯片等。BioNumerics里面的特征字符型数据的大小可以是单个特征，也可以是基因芯片试验的成千上万的基因表达值。矩阵可以和BioNumerics里的其它数据库的记录相连，从而关联起来得到用户想要的分类和鉴定，此种数据的典型例子是DNA同源性相似度的表格。

• Sequence Types 序列类型 

用户可以输入核酸和氨基酸序列，组合和分析Sanger序列数据和NGS序列读取，使用各种各样的序列分析、搜索和校准及比较工具；基于核酸序列的测定，该模块常用于多位点序列分型（multilocussequence typing，MLST）中；Bionumerics可以识别各种序列格式，包括EMBL、GenBank和Fasta格式。它整合了对成千上万的长度不限的核苷酸或蛋白序列的多序列比对，并能显示同源矩阵。用户能够根据自己的需求设定特定的比对的参数；同时可以对根据多序列比对产生的系统发生树进行人工的修改，或对特定的部分序列构建树。这个模块的功能包含了分子分析工具模块，能够进行开放读码框架分析，预测蛋白序列；限制性酶切分析，引物设计等。

• Trend Data Types 趋势数据类型 

        在代谢及酶活性的动力学分析、生长曲线、实时PCR或者用微阵列做的时间过程实验中，虽然一个实验有多个输入大部分是以时间为方程做的，但是它们也可能基于其它的参数，比如基于不同浓度的方程。该模块提供了十二种不同的曲线拟合模型，基于这些模型，可以推出特异的参数，也可以用于分析及比较。用户也可以加入自己的参数比如统计参数、斜率及在某一固定X的值等。

ANALYSIS MODULES分析模块

• Tree and Network Inference 聚类分析和建树 

        自计算技术应用到生物学领域以来，聚类分析被用在分类、筛选、定型和流行病学中。在BioNumerics中通过组合关系数据库的各种理念，把多种实验关联在一起，并有多种聚类算法。其中组合聚类可以通过选择不同的实验组合来实现，并应用各种不同的方法得到组合的系统树图。基于每个实验得到的信息量，相似度可以采用单个实验得来的值并用用户定义或程序算出的权重进行均分；增量聚类分析，内置的增量聚类算法可以允许在已有的系统树图里粘贴大批量的记录，或者删除大批量的记录，而不用重新计算，这个方法可让我们进行横向的聚类，得到一个同时把数据记录及特征进行聚类的综合视图，以便让用户方便地找到判定并区分几组相关数据库记录的特征。

• Dimensioning and Matrix Mining 

        多维技术和矩阵类型 在多维聚类分析技术中，本系统可以把数据库中的记录按两维或多维空间进行聚类分析，而不只是等级的或者像系统树一样的聚类结构。这些技术包括：主成分分析(PCA)，多向度度量法（MDS）。BioNumerics的一个创新的特征之一是可以根据系统树图的关系连接到空间分散的记录上去，这样可以的比较两种分组方法，而且可以帮助用户更加深入的理解不同的分类组之间的关系；判别分析，可以帮助发现不同的数据库记录或特征分组结果的关系，而且计算这些分组的统计学的显著性水平。该模块提供了大量生物统计分析工具，可以进行chi-squaretest、T-test、Wilcoxon signed-ranks test、Kruskal-Wallis test、ANOVA、Pearsoncorrelation test、Spearmann rank-order test，并具有作图功能。

• Genome Analysis Tools 

        基因组分析工具 基因组分析工具模块提供基因组和染色体的平行比较分析，分析基因组的组织功能特性，染色体多重比对分析和染色体SNP位点分析。它整合宏基因组分析和染色体对比及注释工具，进行微生物宏基因组多样性分析；基于高通量测序的分类学标记基因，为描绘细菌群落提供了宏基因组工具。BioNumerics使用的是Kodon软件中获取经过严格验证的技术，运用其各种专门的基因组比对和分析功能。同时，染色体对比和注释工具包含在此模块中。

Classifiers and Identification 分类和鉴定 运用分类鉴定方法对未知物种进行鉴定，如Naive Bayesian, SVM, Shrunken Centroids等。根据不同的实验来鉴定未知的生物体也是BioNumerics新的进步之一，这个鉴定方法是建立在文库基础上的，对未知生物体或物种的鉴定是根据其与已知文库中的其它的已有库单位的相似性来决定的，在聚类分析中用到的对相似性范围和距离的定义也可以在这里应用；同时，通过对不同的数据集的已知或者未知数据记录的共评价也将终得到一个更加可靠的一致性的鉴定。

• Versioning & Audit Trails 审计与跟踪管理 

        记录所有数据库项目的更改、用户登录、导出XML报告、数字化签名等。创建审计数据库（尤其是满足FDA21CFR Part11规范要求）记录所有的变化，并保持所有版本的选定的数据库对象，比较和还原版本，记录用户活动，创建数字签名权限。