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蛋白质组学是一门研究生物体内所有蛋白质及其相互作用的学科，其中蛋白质组的差异分析是蛋白质组学的重要分支，旨在比较不同生物样本间蛋白质表达的差异，以揭示生物过程和疾病机制。关于蛋白质组的差异性分析主要有两种方法：一种是通过二维电泳技术筛选差异蛋白，然后进行质谱分析以鉴定差异蛋白质相关信息；另一种是完全基于质谱仪的高通量测序技术，通过对蛋白多肽标记后进行定量分析寻找出差异蛋白。

二维凝胶电泳技术（2-DE）

DE是蛋白质组学研究中最早应用的技术。迄今为止，它仍是蛋白质组学研究中常用的分离手段。蛋白质组学研究的核心在于确保分离出的蛋白质具有高分辨率和可重复性，2-DE凭借它在分离上千蛋白质的同时，还能通过显色技术对差异表达蛋白质进行定量分析，被广泛应用于蛋白质组学研究中。它的主要步骤包括:蛋白质样品制备、等电聚焦(IEF)、SDS-PAGE、染色等。

图1 2-DE一般流程

质谱技术（MS）

在整个蛋白质组学研究中，准确鉴定分离蛋白是最关键的步骤。质谱鉴定技术具有高灵敏度、高通量、高时效性等特点，在蛋白质组学研究中一直扮演着重要的角色。传统的质谱技术只能用于小分子量物质的分析，但随着科技的进步质谱技术也得到了长足发展，能对更加复杂的物质进行检测同时自动化程度和精确度更高。常见蛋白质质谱鉴定技术有：基质辅助激光解析电离飞行质谱（MALDI-TOF-MS）、电喷雾质谱（ESI-MS）、蛋白指纹谱鉴定（PMF）、串联质谱法（MS/MS）、液相色谱联用质谱（LC-MS）等。

图2 质谱技术的一般流程

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