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蛋白质质谱（Proteomics Mass Spectrometry）测序实际上是指利用质谱技术进行蛋白质或多肽的质量分析，以鉴定其氨基酸序列。在理论上和实际操作中，质谱可以提供蛋白质或多肽的具体氨基酸序列信息。这是通过测量多肽质量以及在质谱中生成的碎片离子的质量来实现的。

在质谱分析中，蛋白质或多肽首先被酶（如胰蛋白酶）切割成较短的片段，然后这些片段在质谱仪中被电离，使它们带电并能够在磁场中移动。质谱仪测量这些带电粒子的质量/电荷比（m/z值），生成一个谱图。通过分析谱图上的峰值，科学家可以确定肽段的质量，以及通过进一步的串联质谱（MS/MS）实验，也可以确定碎片离子的质量，这些数据一起可以用来推断原始蛋白质或多肽的氨基酸序列。

对于不同氨基酸的准确鉴定，需要考虑它们的质量差异以及碎片离子在质谱中的形成方式。虽然大多数氨基酸可以通过其独特的质量差别被辨识出来，但有些氨基酸如亮氨酸和异亮氨酸的质量是相同的，因此需要更高级的技术和策略来区分。

在某些情况下，质谱可能无法提供完整的氨基酸序列，尤其是在分析大蛋白或者高度修饰的蛋白时。因此，质谱数据通常需要与生物信息学分析结合，比如数据库搜索或de novo序列分析，来辅助确定蛋白质的完整序列。

图1.蛋白质测序示意图

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