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电泳在无胶的一种薄层液相基质中进行。样品通过专用蠕动泵注入分离腔（两个平行特制平板构成，腔体高0.5mm）。层流驱动样品在分离腔中运动，带电粒子（蛋白质/细胞器/膜类/完整细胞等）在分离缓冲液中，在垂直于液体流方向的高电压驱动下，流动方向发生偏斜而被分离。由于等电点/分子量大小/分子形状等泳动能力不同，样品被分离成96个组分，收集到96孔收集器中。

 工作模式：                                     

A：等电聚焦(IEF)。含不同的两性电解质的分离缓冲液，通过不同的缓冲液入口进入分离腔，在垂直于流动方向的高电压的作用下，形成线性梯度。样品由入口进入分离腔，同样在垂直于流动方向的高电压的作用下，根据所带电荷的不同发生分离。样品中的蛋白质在不同pH值的缓冲液中会带不同的电荷，所以在分离腔的不同部位会产生不同的位移，一直到蛋白质移动到其等电点的位置，其所带电荷为零，停止移动。如果蛋白质偏离其等电点位置，必然会带上新的电荷而产生位移，结果是移动到等电点的位置停止。这种模式分辨率高（最高达0.01PH单位），用于分离蛋白质和多肽等。

B：区带电泳(ZE)。不同的缓冲液入口中流动的是相同的分离缓冲液。样品仍通过入口进入分离腔，在垂直于其流动方向的电压的作用下，根据所带电荷密度（与电荷量和样品体积有关）的不同发生分离。样品在分离腔的不同部位所带电荷相同，该模式分辨率较低，用于分离细胞器、生物粒子和细胞等。