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这是一个大问题，是迄今为止显微镜厂家和图像采集装置制造者一直在努力探求改善的课题。因此也有不断新的装置的出现。
但就现时：
1）尽量完善的样品制备；
2）清洗干净的样品载体（如载玻片，盖玻片等），消除不必要的杂荧光干扰；
3）选取高质量的荧光显微镜；
4）使用适合不同荧光光谱的荧光物镜；
5）选取合适的激发光源；
6）选取高敏感度和大动态范围的CCD，当然可能用EMCCD之类的；
7）在上述基础上，摄像头的调整可以适当增加增益，但小心因之而引起的信噪比降低。没办法时，用过滤的方法尽量消除噪音信号；另外，降低摄像头的分辨率－使用bin，很多使用者往往在拍摄荧光图像时，也使用很高的分辨率，在通常情况下是得不偿失的。
8）增加曝光时间，当然要注意时间延长对荧光样品的淬灭影响，如可以，使用一些抗淬灭剂；
9）当然降低拍摄环境光线的干扰（背景光）也是非常重要的。

广州明美工程师也在致力研究拍摄荧光图片你成像装置，近期工程师对MSHOT的MC50的芯片进行升级改造，使其能捕捉微弱的荧光图像。以下是升级后的MC50实拍的荧光图片：