尼氏染色法(Nissl Staining)是用碱性染料染神经组织的一种方法。尼氏体是胞质内的一种嗜碱性物质，广泛见于各种神经元，不同神经元中的尼氏体形状、大小和数量则各有差异。用于尼氏染色的碱性染料主要有焦油紫、亚甲蓝、苯胺蓝和硫堇等。我室主要用焦油紫和硫堇染色。尼氏染色法可以染出尼氏体，用来观察神经元内的细胞结构；还可以通过尼氏染色后对尼氏体的观察来了解神经元的损伤情况。
(1)应该在显微镜下观察分色程度，使尼氏小体呈深色而背底基本无色为佳。如分色不够，可以退回酒精再次分色。如分色过度，也可退回再染。
(2)尼氏染色应充分脱水，否则容易褪色。
(3)HE染色方法虽然也能观察到胞质中嗜碱性颗粒，但结构不甚清晰，神经元的轴突、树突难以辨认。在尼氏染色中尼氏体清晰可辨，而且很容易区分轴突和树突。尼氏染色中尼氏体受染后呈块状（形如虎斑）或颗粒状，核周围尼氏体颗粒较大，近边缘处较小而细长，如在生理情况下，尼氏体大而数量多，反映神经细胞合成蛋白质的功能较强，在神经元受损时，尼氏体的数量可减少甚至消失，实验者可以根据实验目的选择HE染色和尼氏染色。