目标区域高通量测序
目标区域高通量测序是一种高度特异和靶向的方法，是指采用各种技术手段将待检测的目标区域富集之后，进行高通量测序的研究策略。目标区域的高深度测序可以有效识别基因的变异并对其进行特征谱分析，通常用于分析特定基因组区域中的DNA变异，尤其是肿瘤的基因组研究。
目标区域高通量测序的策略与区别
| 液相杂交捕获 | 扩增子测序 |
富集策略 | 探针杂交 | 多重PCR |
适用范围 | 100k<目标区域<100M | 目标区域<100k |
检测变异类型 | SNP、片段Indels、融合基因、基因扩增等。 | SNP、小片段Indels、基因扩增等 |
核酸起始量 | 100-200ng | 50-100ng |
优势 | 发现新的SNP、融合基因、片段Indels等 | 常用于发现低频突变(低于0.1%)，可用于ctDNA的研究 |
制约因素 | 探针捕获效率 | panel扩增均一性 |
扩增子测序
原理：通过设计目标基因组区域的引物，经多重PCR反应扩增将目标区域DNA富集纯化后，进行高通量测序和数据分析。通常用于扩增区域较小（<100k）的情况。
技术流程
技术优势
目标区域小，测序成本较低，测序深度通常可高达10000X（常规全外显子组测序为100X），因此可以发现低频的突变。
可选panel：包括现成产品（适合不同肿瘤的基因组合）和个性化定制两种
Panel类型 | 50 gene | BRCA1/2 | 定制 |
适用肿瘤 | 所有肿瘤 | 乳腺癌 | 覆盖基因组 |
覆盖区域 | 热点突变区 | 全外显子区 |
扩增子数目 | 207 | 148 |
Panel大小 | 40K | 17K |
应用
panel名称 | 适合肿瘤 | 适用样本 | 应用 |
50 gene panel
(可定制) | 所有肿瘤 | FFPE | 从肿瘤组织切片中检出肿瘤特异性低频突变，可以应用于肿瘤患者的靶向用药指导、晚期患者的监测、个体化治疗的疗效评估等。 |
血浆（ctDNA） | 从ctDNA检出肿瘤特异性低频突变，可以应用于肿瘤的超早期筛查、肿瘤患者的靶向用药指导、晚期患者的监测、个体化治疗的疗效评估等。 |
BRCA1/2 panel | 乳腺癌 | 全血 | 检测乳腺癌BRCA1/2易感基因上存在的致癌热点突变。 |
样品要求
1、样品纯度要求：OD值应在1.8至2.0之间；电泳检测无明显非特异性杂带，PCR产物条带清晰、完整。
2、样品浓度：纯化后PCR产物浓度不低于5 ng/ul。
3、样品总量：样品总量不低于200ng。
4、样品信息：请提供DNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据，包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。
服务流程
1、提交项目课题相关需求和资料。
2、与我们的专业技术团队讨论项目细节。
3、根据讨论后的意见对实验方案进行修改。
4、双方均满意并达成一致，签订技术服务合同。
5、开展实验，按期完成合同规定的内容。
6、结题，提供实验原始结果和分析结果、实验流程、实验条件等等。
我们的优势
1、游离DNA纯化技术能有效去除基因组DNA污染，使定量更准确。
2、扩增子生成技术提高了扩增子生成的均一性，降低测序成本。
3、低频突变生物分析技术能有效在背景中检出相关低频突变。
4、为了克服PCR扩增中引入的人源误差，在进行任何扩增之前加入UMIs（unique molecular indices），从而保留起始DNA分子的唯一性并克服PCR扩增带来的假阳性问题，以及文库构建过程中引入的偏差。