全基因组从头测序（De Novo Sequencing）在没有参考基因组的情况下对某物种的全基因组进行测序和组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。随着测序技术的发展，测序成本和测序时间大大降低，全基因组从头测序已经成为快速了解该物种的一个重要途径。尤其与人类生存相关的物种，如水稻、玉米、棉花等基因图谱的绘制完成，标志着我们可以从基因组水平对这些物种的生长、发育、进化、起源等问题进行研究，从而对基础生物学、分子育种、遗传基因改良等方面的研究起到巨大的推动作用。