单核苷酸多态性（SNP）检测…

                                           单核苷酸多态性（SNP)检测

        单核苷酸多态（SNP）是指有单个核苷酸替代、插入或缺失而形成的分子形态，有时括有多个核苷酸插入或缺失造成的点突变。通常情况下是一种2等位基因的变异，并多为转换，即嘧啶碱基之间的转换或嘌呤碱基之间的转换。SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C-T，因为CG中的C常为甲基化的，自发脱落后变为T。SNP是人类基因组中数量最多的一种多态形式，人类基因组中总共有300万个SNP，平均每1000个碱基中就有一个SNP。SNP的分布不均匀，非转录区要多于转录区，大多数位于蛋白的非编码区。其中相当多的SNP位点直接或间接与个体间的表型差异、人类对疾病的易感性或抵抗能力有关。SNP检测在临床及临床相关研究中已有广泛应用。

       我公司采用Taqman/MGB探针法检测SNP位点，该方法的技术基础是实时荧光定量PCR（如图1）。

 图1：Taqman探针法荧光定量PCR技术原理

        针对同一SNP位点的不同基因型设计两条不同的Taqman探针，把它们同时加入到PCR反应体系中，只有与靶序列完全匹配的探针才能被水解并释放出荧光信号。两条探针分别标记不同的荧光基团，分别用实时荧光定量PCR仪中对应的荧光检测通道检测荧光信号。某种基因型对应的荧光探针能够释放荧光信号，说明在原始DNA样本中含有该中基因型。如果只有一条探针能释放荧光信号，那么检测的SNP位点上是纯合子，如果两条探针都有荧光信号，那么在该SNP位点上是杂合子。（如图2）

                                                                   图2a：Taqman探针法检测SNP位点技术原理

 图2b：纯合子的扩增曲线

图2c：杂合子的扩增曲线

       这种方法可以直接在实验结果（软件自动输出的Excel表格）中读出每个样本中SNP的基因型（纯合子XX或YY，杂合子XY)，不需要再对序列进行分析，具有直观性。

       并且还可以通过软件分析出不同基因型在所有样本中的分布即散点图（如图3）。

                                                                                         图3：SNP散点图

      Taqman探针法对于大样本量的检测还有成本低、速度快的优点。

SNP分型实验操作流程：

       Taqman探针及引物设计：客户提供SNP位点信息（RefSNP号码：rs1234567）,我公司负责设计探针和引物, 一个位点一对引物, 两条探针.

• 探针及引物合成: 两条探针分别用VIC(或HEX)和FAM标记

• 基因组抽提

• 荧光定量PCR扩增

• 数据分析(散点图）

• 提供实验报告: 探针和引物序列, PCR条件, 扩增曲线, 散点图, SNP分型结果(软件自动输出的Excel表格)