Phalanx平台,华联生技与台湾农委会共同合作开发水稻表达谱芯片。 目前水稻表达谱芯片 v1 的雏型已阶段性完成， 并通过基础的质量验证测试。此雏型芯片的探针设计是参考 RGAP v6.1 与 BGI 2008 基因体数据库， 同时涵盖 Japonica 与 Indica 两个水稻品种的信息。 设计原理采用 “一个基因，一个探针” 的概念，以 IMPORT 专利技术针对具有 GO (Gene Ontology) 信息的基因序列设计高专一性探针， 并以自主的高速布放技术生产，为当前具 GO 信息基因涵盖度最广的表达谱芯片。 水稻表达谱芯片 v1 探针内容
探针种类 探针数
基因探针设计数据库： 21,179
- RGAP v6.1
- BGI 2008
控制探针数 824
总探针数 22,003
基因探针
水稻表达谱芯片 v1 的探针设计， 是华联技术团队参考 RGAP v6.1 与 BGI 2008 基因体数据库进行设计， 以具有 GO 信息的基因序列为主， 藉由经年累积的经验所研发之基因批注运算流程，设计具高度专一性的长链 60 个碱基寡核酸 (sense-strand) 的基因探针， 内容包含 Japonica 与 Indica 两个水稻品种， 每一个探针对其源数据库的目标基因皆具高度专一性，避免非目标基因的杂交影响。
此外，华联专业团队建构 ”华联探针批注搜索引擎” (PASS) 网站，方便使用者查询各探针相对应于 NCBI 及 Ensembl 数据库的详细批注。 |