用火焰消毒是古典的微生物学方法，但由于会产生气溶胶，并使安全柜柜内气流紊乱，尽量不要使用。 酒精灯是目前实验室常用的低中温加热及灼烧灭菌工具，但是酒精灯外焰用来消毒挥发的气体会累积在安全柜内，点火时很容易产生气爆现象而遭火焰灼伤。本生灯是实验室中高温加热与灼烧灭菌工具。因其火焰温度较高，在使用时要注意火焰的调整，有时，火焰会呈黄色，有时甚至会产生黑烟，此种黄色火焰不仅温度较低，而且因燃烧不完全，黄色焰区中的细小碳粒会附着在被加热物外壁上，因为持续燃烧所产生的热效应会干扰生物安柜全操作腔内的气体垂直层流，且火焰热气会大大缩短HEAP高效滤层的寿命。