全自动毛细管电泳检测项目已越来越成为医院很好的临床诊断手段，同时亦是医院创收的良好项目，也是检验科提高层次的必备仪器，所能开展的检测项目临床意义如下：
1、血清蛋白电泳：至今为止，已发现人类血浆中有300种以上蛋白质，这些蛋白质在人体的生理、病理活动中发挥着极其重要的作用。许多疾病及其过程会显示出其特别的血清电泳图谱，因此，利用血清电泳能帮助诊断和鉴别诊断各种疾病，以及帮助监视疾病的预后和治疗效果。它能较准确地提示肝病综合症，肾病综合症，单株丙球血症，感染综合症，肿瘤及营养不良。
2、非浓缩尿电泳：尿蛋白的电泳分析主要根据蛋白质的分子量及电荷特性而将其分离，形成电泳区带。原尿无须浓缩可直接上机，对肾小球、肾小管、混合性肾炎有诊断意义，是肾脏早期损害的准确诊察手段。
3、血红蛋白电泳：能对α地中海贫血、β地中海贫血，遗传性疾病作进一步诊断，并可对婚前检查提供标准。
4、免疫固定电泳：电泳模式和免疫球蛋白实验结果能够及时诊断病人是多发性骨髓瘤还是B细胞性白血病。因此，蛋白分析能够作为淋巴细胞增生性疾病诊断和监测的有用工具。免疫化学方法能够对这些与紊乱有关的异常蛋白定量，而电泳分析能够确定这些蛋白质的单克隆属性。因此，免疫固定电泳是免疫机的良好互补。