显微(细胞)电泳是一项有理论意义和实用价值的检测方法。它通过显微镜直接观察分散于液相介质中的微粒在电场中的移动方向和速度，验证微粒表面电荷的符号和密度，进而推测它们的组成和特点。
适合光学显微镜观察的微粒的大小约为1～100μm。通过对各种微粒的带电性质进行研究，在多领域科研及生产实践中，例如制药、食品、纺织、印染、油漆、造纸、橡胶、石油、感光材料、塑料、冶金、选矿等等都越来越普遍地受到重视。
在上述各学科的教学中，应用显微电泳系统可以直观形象地学习掌握显微电泳技术，验证各种微粒表面电荷的符号和密度，同时也可以开展有关的科学研究工作如测量微粒的ζ电动势等。
在医学及生物学领域中，显微电泳技术常用于观察细胞，这时的显微电泳称为细胞电泳。根据细胞表面的电荷密度，推测其构造和功能、大分子物质在细胞表面的吸附，以及在细胞表面进行的免疫反应等等。由于它不破坏细胞的结构，也不用染色等等处理，因此能在近似于生物体的环境中进行观察，得出其它方法无法得到的结果。
显微（细胞）电泳系统是进行显微观察的必备仪器。