在流式细胞仪中，探测器或前置放大器输出的是一组脉冲信号，细胞在随意的时间里经过检测点形成了信号之间随意间隔；细胞的光散射信号和荧光信号可由脉冲信号的高度和面积或宽度来表示。在大多数仪器中，收集的信号被转化并存储为脉冲信号，拥有高度、面积和宽度值，然后由电子计算机转化这些信号作进一步分析。信号随着不规则的间隔（由细胞检测的随机时间决定）而被数字化并记录下来。
在激光扫描细胞仪中，探测器或前置放大器所输出的信号是一个对样本一定区域的光栅扫描信号，并以衡定的间隔被数字化，所产生的是数字矩阵信号，其中包括了一幅图片的一个原素或像素。有关一个细胞的数据以一个数量级的连续像素来表示；这个数量级在低分辨系统时可能是10，而在高分辨系统中会达到100。然而，尽管激光扫描细胞仪的图像有效像素会小至与高分辨数字显微镜一样（0.5um），但它的空间分辨率会低些，因为激光的聚焦光束大于一个像素的空间。
激光光束特性
激光作为细胞仪的光源是因为它所输出的激光能被聚焦成为很小斑点。然而，根据激光基础物理学，聚焦光斑越小，在光束聚焦后的光路上发生的散射越快。这个现象在共聚焦显微镜和多光子显微镜中都会发生，而它们典型的光斑< 1um，聚焦深度不到一个微米，并且聚焦光斑在每个检测点上会快速上下移动。这样便可在薄的标本切片上获得高分辨率荧光图像或三维结构图。典型的流式细胞仪聚集光斑的尺寸50-120um宽—形成一个比样本流宽的稳定的光束；光斑的高度为5-50nm；更窄的聚焦光束可得到更为详细的有关细胞尺寸的信息，但因光线的发散，会使在极小角度收集散射光的步骤复杂化。激光光斑宽度和高度的临界尺寸在几百微米左右。当光束高度比细胞小时，流式细胞仪的空间分辨率好；当光束增大赶到比细胞大几倍时，分辨率降低直至无信号出现。
在激光扫描细胞仪中，聚焦光斑，或腰部（最细处，典型的为2.5-10um）界于流式细胞仪和共焦之间。聚焦的深度为100um，可在载玻片或毛细管中形成并收集统一的信号。尽管图像的像素之间有间隔（0.5-4um），但视觉的分辨率却不高，因为聚焦光斑（2.5-10um）比像素本身要大。