人类免疫缺陷病毒（HIV）属于一类能直接插入宿主基因组中的病毒。一旦感染HIV，该病毒将会插入到CD4 + T淋巴细胞的DNA中，而正常的CD4 + T淋巴细胞参免疫应答的发生。当HIV自身插入到CD4 + T淋巴细胞的DNA时，它将变得活跃并劫持该细胞进行复制，然后再将HIV释放出来，侵入和接管其他细胞，这最终将会杀死宿主细胞；或者它处于休眠状态，其存在的唯一标志是在细胞的基因组中有外源DNA的一个微小片段。然而，在大多数情况下，这两种现象会同时存在。一些病毒会劫持细胞和增殖，而另一些病毒则处于休眠状态。随着岁月的流逝，这些潜伏着的病毒会逐步弱化免疫系统，从而不断增加对病毒感染者的危害。

潜伏着的HIV不太可能导致免疫细胞克隆

抗HIV药物只针对活动性感染——病毒劫持细胞和自我复制—— 休眠病毒不能被药物作用，继续处于潜伏期并且准备随时醒来。研究人员认为，处于潜伏期的HIV隐藏在一种特定类型的CD4+ T淋巴细胞中，它能够帮助免疫系统记住特定的病原体。当它们再次接触之前遇到过的病原体时，它将调节T细胞识别此病原体并进行克隆。以往的研究表明这种克隆扩增是HIV为了维持其潜伏状态，但是洛克菲勒大学分子免疫学实验室的研究生莉莲·科恩解释，他们在研究中发现，处于潜伏期的HIV不太可能是在克隆。“最近的研究已经表明，受感染的T淋巴细胞可以随时间增殖，产生含病毒遗传密码的克隆体。然而，我们发现，这些克隆体不显示含有处于潜伏期的病毒，我们一直不认为处于潜伏期的病毒会进行克隆“。

试验表明HIV进行克隆时无法劫持细胞和复制

使用13个感染了HIV的患者血液样本，分组测序感染细胞中HIV插入人体细胞基因组位点。在专门的分析技术的帮助下，可以看到一个被感染的细胞是否在免疫应答扩增之前已经克隆。总之，团队测试了75个病毒序列，看处于增殖克隆阶段的病毒是否有可能去劫持淋巴细胞并进行增殖。结果是：完全不可能。

以上分析可以看出，消灭潜伏期的HIV病毒，才是真正治愈的关键。