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二代靶向测序揭示恶性瘤中存在大量的基因组突变

V大大  发布于:2014/12/18  阅读量:593  来源:MedicalXPress

恶性胸膜间皮瘤(MPM的二代测序结果显示,涉及DNA修复,细胞存活以及细胞增殖通路的基因发生了复杂的突变。突变的积累与肿瘤的早期发生及存活率的下降相关联。

 

MPM是一种致命的癌症,它是由于长期暴露于石棉引起的,这种癌症存在于肺外壁,3年存活率仅为8%,并且大部分的MPM患者发展成晚期。通过二代测序(NGS)能有效地确定细胞基因组DNA中核苷酸的种类和序列,靶向NGS能测定特定的基因而不是整个基因组。利用NGS技术有望准确地揭示MPM中基因突变的类型,位置和数量。

 

都灵大学的研究人员和他们的合作者利用靶向NGS123名晚期MPM患者的52个基因进行了回顾性测序。测序所用的样本为经福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的肿瘤组织中的基因组DNANGS结果通过桑格测序法进行确证,两种基因的蛋白表达通过免疫组化来检定。

 

这项研究发表于Journal of Thoracic Oncology,该研究在两条主要的通路(p53/DNA修复和PI3K-AKT中发现了突变簇。PIK3CASTK11TP53基因中的某些突变与疾病的快速发展相关。此外,当积累了多种突变时,疾病发展所需的时间缩短,整体存活率也降低。导致BAP1蛋白中的氨基酸发生变化的BAP1基因突变与BAP1蛋白的核定位相关。

 

“我们的结果显示,NGS简便易行,尽管从FFPE肿瘤组织中分离的基因组DNA不完整并且产量低,”作者说。“我们的数据证明,在MPM中存在多种非驱动性的突变的积累,而不是单个驱动型的基因突变,这也许解释了这种与石棉相关的疾病的潜伏期为什么这么长。”下一步他们将对其中一些突变的功能变化进行进一步的测定。


全部评论(1)

  • 1楼
    2014/12/18 14:24:54Annie

    期待二代测序更加广泛和有针对性的应用

    [0]

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