在医院就诊的疾病中，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的感染是常见的病因,对于资源不足的医院来说，这种感染也成为了一种巨大的负担。在资源充足的临床治疗中，基因组测序已经得到广泛应用，它可以用来来追踪MRSA的传播路径,但是由于控制感染的限制，传播动力学仍就是未知的。一项发表在Genome Research上的最新的研究显示,实验是在一个资源有限的医院进行的，在较高的MRSA传播率条件下，应用基因组测序法了解MRSA的传播机制。

本研究在泰国东北部的一家医院展开，为期三个月，对两个重症监护病房(ICUs)的患者进行了MRSA的监测。试验期间,46名患者和5员工至少有一次的检测结果呈阳性(16%的成年人和34%的儿童患者)。依据MRSA的遗传相似度分离菌株，排除使用传统的低分辨率的基因分类方法，这样更好的区分了从人与人之间的菌的传播。因此,对76病人实行隔离并进行全基因组测序,对MRSA检测呈阳性的病人进行双重隔离。MRSA检测呈阳性的患者或员工没有感染的症状,除了他本身就是病菌的携带者的情况。

”基于对金黄色葡萄球菌进行的全基因组测序，发现系统发育树的显著特征存在着多个不同的形态,”来自剑桥大学和威康信托基金会桑格研究所专家，Sharon Peacock如是说：”这表明相同的品种的多个种病菌菌株同时存在于一间医院。”

研究单一MRSA分离株的基因组变化，使研究人员能够推断出病人间可能性最大的传播、感染途径。对ICU病房内患者们之间的MRSA传播进行观察，同时也对病人和工作人员之间的MRSA传播进行观察。与先前在英国的研究相比，

本实验的结果是罕见的，前者也是研究ICU病房中MRSA病菌的传播。

“我们的长期目标是，利用这些信息，建立感染控制预警机制,“Peacock说。“在本项研究进行的医院中，传播程度与手部卫生状况呈现正相关关系。”

在实验进行的三个月期间，基因组测序结果表明，MRSA是呈动态移动的，比较普遍的是在研究的早期菌种的转移，也有一些菌种在实验后期移动。

长时间的实验过程中，对隔离后的携带MRSA的病人进行病毒的深度测序显示，尽管隔离前的所有病人携带相同菌株，但基因序列仍有一些微小的遗传差异，表明单一载体中细菌的多样性。这项研究结果也进一步支持了以前研究的观点，即研究转移路径需要控制宿主细菌的多样性，以及控制传统的流行病学数据。