组蛋白乙酰化是一种重要的蛋白翻译后修饰（PTM），在基因表达调控、染色质重塑和其他细胞功能中起到关键作用。质谱技术已经成为鉴定和定量组蛋白乙酰化修饰的重要工具。以下简述了组蛋白乙酰化质谱分析的基本流程：
1.样品准备:
从细胞或组织中提取组蛋白。
使用酶（如胰蛋白酶或脂肪酶）对组蛋白进行消化，得到组蛋白的肽段。
2.乙酰化肽段的富集:
利用具有亲和性的抗体或其他方法来富集含有乙酰化修饰的肽段。
3.液质联用分析:
使用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）对富集后的样品进行分析。
质谱仪能够准确地鉴定和定量含有乙酰化修饰的肽段。
4.数据处理和分析:
使用专门的质谱数据处理软件，如MaxQuant、Skyline或其他工具，对数据进行处理，鉴定乙酰化修饰位点，并进行定量分析。
可进行生物信息学分析，包括功能、通路和网络分析，以揭示乙酰化在生物过程中的作用。
5.实验验证:
对于关键或研究重点的乙酰化位点，可使用其他方法（如免疫印迹、免疫荧光染色等）进行验证。
6.注意事项:
样品处理过程中需要尽量避免蛋白质的降解或非特异性修饰的发生。
因为乙酰化修饰是可逆的，所以在样品处理过程中需要尽快，并避免长时间的暴露在非生理条件下。
图1
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