CUT&RUN丨高分辨率、低背景噪声特异性切割
染色质免疫沉淀（ChIP）一直是研究蛋白质-DNA相互作用的主要方法，主要包括细胞与甲醛交联固定、染色质片段化、引入抗体富集、收集与目标蛋白结合的染色质进行分析。该技术自30年前第一次被提出以来，很少有所改进，很多科研工作者也因ChIP过程中出现的众多问题而深受困扰。直至Henikoff实验室提出CHIP新技术核酸酶靶向切割和释放(cleavage under target and release using nuclease，CUT&RUN)，刷新了人们对DNA和蛋白研究方法的认识。
艾美捷CUT&RUN 技术的基本原理：
CUT&RUN技术的核心在于利用核酸酶的特异性切割。在这种方法中，首先将目标蛋白（通常是转录因子或组蛋白修饰）与核酸酶（如Tn5转座酶）融合。当这些融合蛋白结合到基因组的特定区域时，核酸酶会在这些区域进行切割。切割后的DNA片段可以通过测序来识别和分析，从而揭示目标蛋白的结合位点。
CUT&RUN技术的优势：
高分辨率：CUT&RUN技术能够提供比传统ChIP-seq更高的分辨率，能够识别更小的基因组区域。
低背景噪声：由于核酸酶的切割是特异性的，CUT&RUN技术产生的背景信号较低，提高了数据的信噪比。
灵活性：可以通过改变融合蛋白来研究不同的转录因子或组蛋白修饰，增加了技术的适用范围。
CUT&RUN技术的应用：
转录因子结合位点分析：通过CUT&RUN技术，研究者可以精确地识别特定转录因子在基因组中的结合位点。
组蛋白修饰研究：CUT&RUN技术也可以用于研究组蛋白修饰在基因调控中的作用，揭示其在不同基因区域的分布。
疾病相关基因调控：在疾病相关的基因调控研究中，CUT&RUN技术可以帮助识别疾病相关的基因调控网络。
案例研究：
在一项研究中，研究者利用CUT&RUN技术研究了一种与癌症相关的转录因子。通过分析其在基因组中的结合位点，研究者发现了一些新的调控区域，这些区域在癌症发生中可能起到关键作用。
结论：
CUT&RUN技术为基因调控研究提供了一种新的视角。其高分辨率和低背景噪声的特点，使其在揭示基因调控机制方面具有巨大的潜力。随着技术的不断进步和应用的扩展，CUT&RUN技术有望在生物医学研究中发挥更大的作用。
参考文献：
Dekker J, Marti-Renom MA, Mirny LA. Exploring the three-dimensional organization of genomes: interpreting chromatin interaction data. Nat Rev Genet. 2013;14(6):390-403.
Skene PJ, Henikoff S. An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites. Elife. 2017;6:e21856
https://www.amyjet.com/products/P-9016-12.shtml
————————————————————
CUT&Tag试剂盒：快速获得高信噪比的结果
Cleavage Under Target & Tagmentation (CUT&Tag)是一种新兴的DNA-蛋白质互作研究方法。CUT&Tag以融合了protein A/G的Tn5转座酶为核心，融合蛋白通过protein A/G与抗体结合，使得Tn5被栓系在靶位点周围，从而在目的位点附近进行酶切反应，并同时引入二代测序所必需的接头序列，产物DNA经过后续提取与PCR扩增后，得到直接用于测序的文库。CUT&Tag与传统的ChIP-Seq技术相比较，实验不需要超声打断，也不需要传统的连接法添加测序接头，操作简单、周期短、信噪比高、重复性好、细胞用量少，为极低起始细胞量和单细胞测序研究提供了可能性。
自2019年CUT&Tag技术诞生以来，经过大量的实践，发现该技术在组蛋白修饰及部分转录因子与DNA互作研究中可以获得高信噪比的结果，但是针对一些与DNA结合力较弱或者结合具有高度动态性的DNA结合蛋白，较难得到理想的实验结果。
艾美捷CUT&Tag试剂盒特点：
1、高浓缩： 使用独特的核酸切割酶混合物，其具有低序列偏倚，以同时片段化染色质并切割/去除靶蛋白/DNA复合物两端的任何DNA序列，而不影响靶蛋白占据的DNA。因此，可以可靠地鉴定真正的靶蛋白富集区域，并且可以实现高分辨率定位。
2、低投入材料： 稳健的无超声片段化、未结合DNA切割和免疫捕获均在同一单管中进行，并采用珠上连接。该方法允许在细胞和组织中使用，并允许以Z小的样品损失对靶蛋白进行Z大的降解保护。结果，输入细胞量可以少至500个细胞或染色质量可以低至50 ng。
3、原位标记： 在DNA纯化之前，DNA衔接子与染色质的珠上连接（原位）导致DNA片段大小增加，允许纯化与转录因子（TF）结合的非常短的片段（例如：< 70 bp）用于文库构建。
4、Z低背景： 在靶蛋白/DNA复合物的两（2）端原位切割未结合的DNA序列能够使免疫捕获/测序背景Z小化，从而允许使用<1000万个读数进行数据分析。
5、快速、简化的程序： 从细胞到文库DNA的过程不到5小时。
6、非常方便：该试剂盒包含CUT&Tag原位测序每个步骤所需的所有组件，足以用于蛋白质/DNA捕获和捕获的DNA文库制备，从而使cTIP（CUT&Tag In-Place）测序试剂盒Z方便，结果可靠且一致。
CUT&Tag试剂盒反应图示：
DNA-Target Protein-Antibody-ChipTag结合示意图
https://www.amyjet.com/products/P-2032-12.shtml
————————————————————
PROGEN/艾美捷AAV5空衣壳，高纯度多场景应用
PROGEN的AAV5空壳颗粒由完全组装好的空AAV5壳体组成，其滴度超过5.0E+12个壳体/毫升。最终浓度是批次特定的，可以在相应的瓶身上找到。
AAV5空壳颗粒以液体形式提供，滴度超过5.0E+12个壳体/毫升。由于缓冲液中不含有稳定蛋白或染料，这些壳体可以用于包括斑点印迹、西方印迹和酶联免疫吸附测定（ELISA）在内的多种应用。批次特定的滴度是根据PROGEN内部建立的标准材料*使用两种不同的AAV5 ELISA（PRAAV5和PRAAV5XP）来确定的。
PROGEN全面的质量控制确保了壳体材料的良好特性，这些材料可以作为参考材料在多种检测中使用，以证明相应检测的有效性。
PROGEN还为AAV血清型1、2、6、8和9提供空壳颗粒材料。
艾美捷PROGEN-AAV5空衣壳：
货号：66V050
数量：100微升（> 5.0E+11个壳体）
应用：斑点印迹、酶联免疫吸附测定（ELISA）、西方印迹（WB）
纯化：亲和层析（POROS CaptureSelect AAVX亲和树脂，Thermo Fisher Scientific）
储存：短期（最多2周）：2-8°C；长期储存：在-80°C分装储存；避免超过5次冷冻/解冻循环
用途：仅限研究使用
浓度：> 5.0E+12个壳体/毫升；请在CoA（证书）和瓶身上查找批次特定的浓度
配方：PBS + 0.014% Tween20 + 1 mM MgCl2 + 2.5 mM KCl
来源：在HEK293T细胞中生产
纯度：通过SDS-PAGE和银染法检测，纯度> 95%
质量检查：
最终滴度是根据内部参考材料使用两种AAV5 ELISA试剂盒（PRAAV5和PRAAV5XP）确定的；质量控制包括填充等级分析和内毒素检测
包装质粒：pDP5rs
产品描述：纯化的空腺相关病毒5壳体（AAV5）
内毒素：< 1.0 EU/毫升
注意事项：请在打开前离心以确保瓶内内容物完全回收；重复的冷冻/解冻循环和分装可能导致滴度下降。
AAV5空衣壳的分析超速离心（AUC）在65S范围内显示出强烈的峰值
PROGEN-AAV5空衣壳主要特性：
1、完全组装的空AAV5壳体
2、血清型特异性的构象表位
3、斑点印迹、西方印迹、ELISA的可靠阳性对照
4、对纯度、AAV滴度和填充等级进行质量控制
5、与内部参考标准材料对齐
Progen提供各种抗体用于鉴别AAV感染的不同阶段以及rAAV的组装分析。艾美捷科技是PROGEN的经销商，为科研工作者提供优质的产品与服务。
https://www.amyjet.com/news/PROGEN-new.shtml
————————————————————
PROGEN/艾美捷纯化的抗MHC II DRA小鼠单克隆抗体EBS-O-111
MHC II类分子由多态性MHC基因编码，由α链和β链的非共价复合物组成。辅助T淋巴细胞结合MHC II类分子呈递的抗原肽。MHC II类分子结合13-18个氨基酸的抗原肽。HLA-DM和-DO分子在内体/溶酶体隔室和B细胞表面积聚，通过维持有利于肽交换的构象来调节外源肽与II类分子（HLA-DR）的结合。MHC I类和II类分子的不同结构特性解释了它们在激活不同T淋巴细胞群体中的各自作用。
阳性对照：Ramos、Daudi或HuT78细胞。扁桃体或淋巴结。
艾美捷PROGEN-纯化的抗MHC II DRA小鼠单克隆抗体EBS-O-111：
货号：691664
规格：1毫升（100微克/毫升）
抗体类型：单克隆
宿主：小鼠
亚型：IgG2a kappa
偶联：未偶联
应用：流式细胞术（FACS）、免疫组化（IHC）
纯化：亲和层析
反应性：人类
储存：2-8°C
用途：仅限研究使用
克隆号：EBS-O-111
免疫原：RAJI细胞
浓度：100微克/毫升
配方：含0.02%叠氮钠的PBS
UniprotID：P01903（人类）
同义词：人类II类组织相容性抗原，DR α链，MHC II类抗原DRA，HLA-DRA，HLA-DRA1
PROGEN-纯化的抗MHC II DRA小鼠单克隆抗体EBS-O-111主要特性：
1、小鼠单克隆
2、适用于流式细胞术（FACS）和免疫组化（IHC）
3、与人类反应
4、亚型：IgG2 kappa
Progen提供各种抗体用于鉴别AAV感染的不同阶段以及rAAV的组装分析。艾美捷科技是PROGEN的经销商，为科研工作者提供优质的产品与服务。
https://www.amyjet.com/news/PROGEN-new.shtml
————————————————————
PROGEN/艾美捷抗CD8a小鼠单克隆抗体，143-44，纯化方案
143-44识别一种32kDa的蛋白质，鉴定为CD8a。CD8分子由α链和β链组成，它们是二硫化物连接成异二聚体或同二聚体。CD8在T细胞亚群（细胞毒性/抑制性T细胞）、胸腺细胞和NK细胞上表达。大多数CD8+T细胞将CD8表达为异二聚体。CD8+T细胞和NK细胞的一些亚群可能将其表达为同二聚体。CD8作为与TCR协同作用的共受体，结合MHC I类/肽复合物。HIV-2包膜糖蛋白结合CD8α链，但不结合β链。124-1D1被分配到第四届国际研讨会。
阳性对照：TuT78或hPBL，扁桃体。
艾美捷PROGEN-抗CD8a小鼠单克隆抗体，143-44，纯化：
货号：691556
规格：1毫升（100微克/毫升）
抗体类型：单克隆
宿主：小鼠
亚型：IgG1 kappa
偶联：未偶联
应用：流式细胞术（FACS）、免疫细胞化学/免疫荧光（ICC/IF）、免疫组化（IHC）
纯化：亲和层析
反应性：人类
储存：2-8°C
用途：仅限研究使用
克隆号：143-44
免疫原：人类外周血单核细胞（PBL）
浓度：100微克/毫升
配方：含0.02%叠氮钠的PBS
UniprotID：P01732（人类）
同义词：T细胞表面糖蛋白CD8 α链，T淋巴细胞分化抗原T8/Leu-2，CD抗原CD8a，CD8A，MAL
PROGEN-抗CD8a小鼠单克隆抗体，143-44，纯化的应用：
测试应用 测试稀释度
免疫细胞化学（ICC）/免疫荧光（IF）：1:100-1:200（0.5-1.0微克/毫升）
免疫组化（IHC）- 冰冻切片：1:50-1:100（1-2微克/毫升）
免疫组化（IHC）- 石蜡切片：1:50-1:100（1-2微克/毫升；推荐在pH 6.0的10 mM柠檬酸缓冲液中微波处理）
流式细胞术（FACS）：每百万细胞0.5-1.0微克，于0.1毫升中
Progen提供各种抗体用于鉴别AAV感染的不同阶段以及rAAV的组装分析。艾美捷科技是PROGEN的经销商，为科研工作者提供优质的产品与服务。
https://www.amyjet.com/news/PROGEN-new.shtml
————————————————————
PROGEN/艾美捷抗突触素小鼠单克隆抗体，SY38，液体，纯化方案
SY38是几种神经内分泌、神经元和肾上腺肿瘤的优秀标志物。神经元和肾上腺肿瘤，如嗜铬细胞瘤、副神经节瘤、神经母细胞瘤、神经节细胞成神经细胞瘤。上皮源性神经内分泌肿瘤：胰岛细胞癌、支气管和胃肠道类癌、甲状腺髓样癌。多肽反应：突触前小泡的38kDa跨膜糖蛋白。
SY38与突触素的细胞质结构域结合。表位位于重复结构中心的柔性片段上（Knaus和Betz，1990）。
受试培养细胞系：大鼠PC-12细胞系。
Knaus，P.&Betz，H.突触素（突触小泡的主要膜蛋白）显性免疫原性区域的定位。FEBS Lett。261, 358–360 (1990).
艾美捷PROGEN-抗突触素小鼠单克隆抗体，SY38，液体，纯化：
货号：690012
规格：1毫升
抗体类型：单克隆
宿主：小鼠
亚型：IgG1
偶联：未偶联
应用：免疫细胞化学/免疫荧光（ICC/IF）、免疫组化（IHC）、西方印迹（WB）
纯化：亲和层析
反应性：牛、人类、小鼠、大鼠
储存：短期储存在2-8°C；长期储存在-20°C分装；避免冷冻/解冻循环
用途：仅限研究使用
克隆号：SY38
免疫原：来自牛脑的突触前小泡中的突触素
浓度：50微克/毫升（50微克）
配方：pH 7.4的PBS，含0.09%的叠氮钠和0.5%的牛血清白蛋白（BSA）
UniprotID：P20488（牛）、P08247（人类）、Q62277（小鼠）、P07825（大鼠）
同义词：突触素、主要突触小泡蛋白p38、SYP
用抗突触素抗体对大鼠Ins-1裂解物进行蛋白质印迹分析。进行蛋白质印迹分析
PROGEN-抗突触素小鼠单克隆抗体，SY38，液体，纯化的应用：
测试应用 测试稀释度
免疫细胞化学（ICC）/免疫荧光（IF）：根据实验而定
免疫组化（IHC）- 冰冻切片：1:50-1:200（0.25-1 微克/毫升，无需蛋白酶处理）
免疫组化（IHC）- 石蜡切片：1:50-1:200（0.25-1 微克/毫升，推荐微波处理，无需蛋白酶处理）
西方印迹（WB）：1:500-1:1,000（0.05-0.1 微克/毫升）
文献参考：
Matsuda, T and Oinuma, . Imaging endogenous synaptic proteins in primary neurons at single-cell resolution using CRISPR/Cas9. Mol.Biol.Cell. 30, 2838-2855 (2019)
Noble, E. et al. Control of Feeding Behavior by Cerebral Ventricular Volume Transmission of Melanin-Concentrating Hormone. Cell.Metab. 28, 55-68.e7 (2018)
Hsu, T. M. et al. Hippocampus ghrelin signaling mediates appetite through lateral hypothalamic orexin pathways. Elife 4, (2016).
Nakajima, C. et al. Low Density Lipoprotein Receptor-related Protein 1 (LRP1) Modulates N-Methyl-D-aspartate (NMDA) Receptor-dependent Intracellular Signaling and NMDA-induced Regulation of Postsynaptic Protein Complexes. J. Biol. Chem. 288, 21909-21923
Progen提供各种抗体用于鉴别AAV感染的不同阶段以及rAAV的组装分析。艾美捷科技是PROGEN的经销商，为科研工作者提供优质的产品与服务。
https://www.amyjet.com/news/PROGEN-new.shtml
————————————————————
PROGEN-抗α-6整合素（CD49）大鼠单克隆抗体，GoH3，上清液研究
在皮肤黑素细胞病变中，三种整合素亚基（a2、a6和beta3）的表达水平已被发现与肿瘤进展有关。针对α6-整合素/CD49f（层粘连蛋白受体，VLA-6）的Mab GoH3显示葡萄膜和皮肤黑色素瘤细胞的细胞质染色模式。抗体阻断整合素a6与层粘连蛋白P1和E8的结合。在非还原条件下，WB与120和140 kD的两条主要带反应。
阳性对照：上皮组织。
艾美捷PROGEN-抗α-6整合素（CD49）大鼠单克隆抗体，GoH3，上清液：
货号：10709
规格：1毫升
抗体类型：单克隆
宿主：大鼠
亚型：IgG2a
偶联：未偶联
应用：免疫组化（IHC）
纯化：杂交瘤细胞培养上清液
反应性：人类
储存：短期储存在2-8°C；长期储存在-20°C分装；避免冷冻/解冻循环
用途：仅限研究使用
克隆号：GoH3
免疫原：小鼠乳腺肿瘤细胞
配方：含0.09%叠氮钠
同义词：整合素α-6，CD49抗原样家族成员F，VLA-6，CD抗原CD49f[裂解为：整合素α-6重链；整合素α-6轻链；加工整合素α-6，Alpha6p]，ITGA6
注意事项：开启前请离心
PROGEN-抗α-6整合素（CD49）大鼠单克隆抗体，GoH3，上清液特性：
1、大鼠单克隆
2、适用于冰冻切片的免疫组化（IHC）
3、与人类反应
文献参考：
Domke, L and Franke, W. The cell-cell junctions of mammalian testes.., Cell Tissue Res, 375, 451-482, (2019)
Nyström, A. et al. Impaired lymphoid extracellular matrix impedes antibacterial immunity in epidermolysis bullosa. Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 115, E705-E714 (2018).
P. Ten Berge, P. J., Danen, E. H., van Muijen, G. N., Jager, M. J. & Ruiter, D. J. Integrin expression in uveal melanoma differs from cutaneous melanoma. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 34, 3635-40 (1993).
Sonnenberg, A., Janssen, H., Hogervorst, F., Calafat, J. & Hilgers, J. A complex of platelet glycoproteins Ic and IIa identified by a rat monoclonal antibody. J. Biol. Chem. 262, 10376-83 (1987).
Progen提供各种抗体用于鉴别AAV感染的不同阶段以及rAAV的组装分析。艾美捷科技是PROGEN的经销商，为科研工作者提供优质的产品与服务。
https://www.amyjet.com/news/PROGEN-new.shtml
————————————————————
PROGEN-纯化抗MUC3小鼠单克隆抗体EBS-T232的应用
EBS-T232与人MUC3 VNTR结构域中的SITTTE反应。粘蛋白是一个高度糖基化的分泌蛋白家族，其基本结构由可变数量的串联重复序列（VNTR）组成，由60碱基对（MUC1）、69碱基对（MC2）和51碱基对（MUC3）编码。结肠、乳腺和胃的癌症细胞，唾液腺、乳腺、肺和胃肠道的正常细胞MUC3阳性。
阳性对照：LS174T细胞或结肠癌和正常结肠组织。
艾美捷PROGEN-纯化的抗MUC3小鼠单克隆抗体EBS-T232：
货号：691678
规格：1毫升（100微克/毫升）
抗体类型：单克隆
宿主：小鼠
亚型：IgG2a kappa
偶联：未偶联
应用：流式细胞术（FACS）、免疫细胞化学/免疫荧光（ICC/IF）、免疫组化（IHC）
纯化：亲和层析
反应性：人类
储存：2-8°C
用途：仅限研究使用
克隆号：EBS-T-232
免疫原：合成的人MUC3（SIB-35）肽
浓度：100微克/毫升
配方：含0.02%叠氮钠的PBS
UniprotID：Q02505（人类）
同义词：Mucin-3A、MUC-3A、肠道黏蛋白-3A、MUC3A、MUC3
PROGEN-纯化的抗MUC3小鼠单克隆抗体EBS-T232主要特性：
小鼠单克隆
适用于流式细胞术（FACS）、免疫细胞化学/免疫荧光（ICC/IF）和免疫组化（IHC）
与人类反应
亚型：IgG2a kappa
PROGEN-纯化的抗MUC3小鼠单克隆抗体EBS-T232的应用：
测试应用 测试稀释度
免疫细胞化学（ICC）/免疫荧光（IF）：1:50-1:100（1-2 微克/毫升）
免疫组化（IHC）- 冰冻切片：1:50-1:100（1-2 微克/毫升）
免疫组化（IHC）- 石蜡切片：1:50-1:100（1-2 微克/毫升；推荐在10 mM Tris和1 mM EDTA pH 9.0中进行微波处理）
流式细胞术（FACS）：每百万细胞0.5-1.0 微克，于0.1 毫升中
Progen提供各种抗体用于鉴别AAV感染的不同阶段以及rAAV的组装分析。艾美捷科技是PROGEN的经销商，为科研工作者提供优质的产品与服务。
https://www.amyjet.com/news/PROGEN-new.shtml