关于多肽的一个常见的误解是多肽像蛋白质一样是不稳定的。事实上，多肽比蛋白质稳定得多，由于两个影响蛋白质稳定性的要素不存在多肽合成中。这两个要素是第三次折叠和蛋白酶的污染。多肽只能经过共价修饰或者肽键断裂被毁坏。不像蛋白质是从充溢各种蛋白酶的细胞里被纯化，合成的多肽被蛋白酶污染的几率是很小很小的。固拓生物在试验中发现在中性pH条件下，大多数生物实验的停止速度很慢。中性条件下细菌污染可能是一个严重的问题（由于多肽是细菌的一种良好的营养源）。因次，实验里用到的溶剂过滤比多肽的稳定更重要。
称重和紫外线吸收力是两个常用的办法。
b. 紫外线吸收性。假如您的多肽含有一个酪氨酸或色氨酸残基，多肽的定量剖析就变得愈加简单。
这在小的亲水性肽，这不是问题。在水溶液中，这些肽通常采用伸展构象，一切的侧链是完整暴露于溶剂中的。但关于长的疏水性多肽，固拓生物试验发现这种假定是不完整正确的。有时可察看到低水平聚合和折叠。出于这个缘由，我们以为，酪氨酸在0.1N NaOH中，在293 nm处的吸光度是，由于在此条件下，肽是完整变性的。它的缺陷是，用于浓度测定的样品不能被恢复。
基于上面的讨论，为了多肽的浓度的准确测定，我们激烈倡议在你的多肽的N-或C-末端添加一个酪氨酸残基。
人们经常以为用乙酰基和酰胺基分别阻断肽的两端能增加肽的稳定性，实践上这是不正确的。
肽的溶解度最终取决于它的序列。在能够操作的条件，pH值可能是最重要的。固拓生物发现，在许多状况下，改动1-3个pH值单位能够使十分稳定的多肽完整溶解。过渡曲线通常是很峻峭的。在一个很窄的pH范围内，溶液从混浊变得明澈。这可能是由于某些残基电离状态的改动，比方His。
关于难以溶解的肽，你能够在有机溶剂中制备更高浓度的原液，例如DMS，并且在生物功用检测期间稀释肽。大多数的检测能包容1-2%的DSMO，一些以至是5%。但是这并不是总是起作用的。一些肽当从DMSO中稀释时以至在更低浓度时汇集和沉淀。
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▲岐昱 多肽合成仪