Fluidigm公司联手Ludwig癌症研究院在一周内测定96个试样的900个基因表达
国际性研究机构Ludwig癌症研究院(Ludwig Institute for Cancer Research,简称LICR)圣保罗分院使用Fluidigm公司的BioMark系统进行大规模分析,以该院前所未有的速度,完成对全部人类“表面基因组”(surfaceome,负责细胞表面蛋白质编码的一组基因)的特征分析。这次试验在Fluidigm公司的南圣弗朗西斯科实验室进行,LICR团队原本要数月时间才能完成的工作,这次一周就完成了。
LICR巴西圣保罗分院的Julia Pinheiro Chagas da Cunha博士说,“我去Fluidigm公司工作了一周,目标是分析96个试样中900个基因的表达。最开始,我觉得这个任务不可能完成,到最后却发现,用集成流体通路,居然可以做到! Fluidigm公司的动态阵列(dynamic array)确实不同一般。采用不到10微克的RNA,只要几个小时的时间,就有可能得到有用的数据,用这种方法,可以分析活组织检查等情况下少量组织中的基因表达。”
LICR团队借助结肠、肺脏、前列腺和乳房部位试样(以及对照试样)的肿瘤穿刺活检,来进行试验。da Cunha博士使用Fluidigm公司新推出的96.96动态阵列,一天只花费四小时亲自动手劳动,就能处理55000个数据点。
Fluidigm公司总裁兼首席执行官Gajus Worthington解释说,Ludwig癌症研究院 在工作中使用Fluidigm的48.48动态阵列。“但是,用我们新推出的96.96动态阵列的话,所有这些基因表达工作就能 快完成,或者说,在相同的一周时间内,能够以更低的成本,处理完成四倍数量的样本。”
利用人类基因组序列以及有关癌症表达基因的大量数据,Ludwig癌症研究院正在进行多项研究,试图对癌症中差异表达的基因进行特征分析。Ludwig研究院Sandro J. de Souza博士说,“为了分析整个人类‘表面基因组’(surfaceome)的特征,我们进行了一次大规模的分析。我们将基因表达数据整合到‘表面基因组’知识库中,发现了可能在恶性胶质瘤(glioblastoma)和结肠瘤中差异表达的待确定基因,接下来,我们想要用大规模的qPCR方法来验证部分待确定基因。在我们的qPCR研究阶段,Fluidigm公司的96.96动态阵列将发挥至关重要的作用。”
Fluidigm公司的新款BioMark 96.96动态阵列使用纳升数量级的金标准TaqMan探针,能够同时进行9216个实时的PCR实验。这套新一代集成流体通路装置能够帮助生命科学研究人员进一步达到新的成本水平,使后勤更加灵活和高效,并从微量的试样中取得更完整的图谱。
使用10uL的反应量,将Fluidigm公司的新款96.96动态阵列与业界标准的384微孔板系统比较,可以发现,96.96动态阵列能够显著提高生产率和效率。
——通量提高24倍:一个96.96动态阵列能够提供9216个并行的数据点,相当于24块384微孔板片的处理能力。
——master mix混合液的用量减少192倍:9216次反应所需的混合液分别为:240微升和46080微升。
——准备过程的复杂度降低96倍:每进行9216次反应,96.96动态阵列只需要192步移液操作,而为了准备相同数量的微孔板片试验,需要完成18432步移液操作。
关于Fluidigm公司:
Fluidigm公司开发、生产、销售其独有的集成流体通路(IFC)系统,能够显著提高生命科学研究的生产率。借助Fluidigm的集成流体通路,能够对极微量的试验对象同时进行成千上万次复杂的生化测定。这种生物学集成通路是通过在单一的微型设备上对液体处理部件进行微型化和集成处理而实现的。Fluidigm公司的IFC系统由仪器、软件和一次性使用的集成流体通路装置组成,与传统的实验室系统相比,该系统扩大了通量,降低了成本,提高了灵敏度。Fluidigm公司的产品已获得美国食品药品管理局(FDA)的批准,可用于诊断、检定,且仅限于研究用途。
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