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时间

授课题目

授课内容

第一天

09:30-10:00

生物信息学与Perl语言概述

概括介绍生物信息学背景与Perl语言的概念及特点

10:00-10:20

软件安装与运行环境调试

Perl语言解释器、编辑器安装，Perl程序运行测试

10:20-12:00

基本操作与基本概念

DOS、Unix命令行操作基本命令；Perl语言基本变量与操作符

13:30-16:00

基本变量

变量、字符串赋值、基本运算等练习

第二天

09:30-12:00

基本语法结构

判断结构；循环结构；练习

13:30-16:00

数组及应用

数组的概念及用法；练习

第三天

09:30-11:00

文件与文件夹操作

文件的读入与输入；文件夹操作；练习

11:00-12:00

二维数组与hash表及应用

二维数组概念、关联数组(hash表)概念及用法；练习

13:30-16:00

常用函数及子程序

常用Perl语言基础函数学习；子程序概念与应用；练习

第四天

09:30-12:00

正则表达式及生物信息学Perl程序实例

Perl特色功能正则表达式学习与应用；生物信息学实例程序学习；练习

13:30-16:00

Bioperl简介、CPAN简介、常用生物信息学数据库与软件简介

Bioperl简介与安装；Perl第三方代码库CPAN简介；常用生物信息学数据库简介、数据类型与应用；常用生物信息学软件数据格式及软件应用简介

授课实例

1、生物学数据文件批量的合并、分隔、去冗余等。
2、生物信息序列数据fastq、fasta、genbank文件等格式转换与批量自动化处理。
3、按个性化实验需求，从生物信息学数据库文件（如genbank、EMBL）中批量自动化提取特定数据信息。
4、表格矩阵型数据的行列转换、特定数据信息的自动化过滤与数据筛选等。
5、二代测序原始数据的批量过滤处理，如barcode识别、质量值过滤等。
6、基因、蛋白质序列特定位点的识别，如起始、终止位点、ORF、motif、CDS等。
7、生物信息学数据序列特征提取与自动化统计，如GC百分含量、k-mer统计、基因反向互补转换等。
8、生物信息学数据库文件的批量自动化下载与信息提取（选学）。

□实用生物信息学培训班  □论文发表所需的图表处理实用技能
□生物信息与宏基因组分析专题研讨班    □Perl语言专题班
□实用生物信息技术及应用（罗静初教授主讲）

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□中心主页 □邮件宣传（张利英、员丽丽）□海报 □单页 □销售员  □丁香园  □生物论坛  □生物通邮件、主页  □朋友推荐               

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住宿明细

入住时间：
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房间类型

□大床间
□标准间（和       合住）
□拼房（与其他学员拼标准间）

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