16S/18S/ITS rDNA,序列包含可变区(Variable region)和保守区(constant region)。可变区序列因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关,通过提取环境样品的DNA,并扩增和检测其中的一段或几段区域,可以了解环境样品中细菌的分类和丰度。
1. 测序质量分析与统计、评估
2. OTU列表生成及注释(默认相似度0.97)
3. 稀释曲线、Alpha多样性分析(默认相似度0.97)
4. 物种丰度差异分析
5. 聚类热图
6. 单样品、多样品物种分布
7. OTU比较Venn图
8. 含进化关系的物种分布
9. Beta多样性分析
三、结果展示
1. 数据库使用
注释数据库 | 网页链接 |
16S细菌和古菌 | Greengene(http://greengenes.secondgenome.com/) |
ITS | Unite(http://unite.ut.ee/index.phpRelease) |
2. 版图展示
图1.1所示,多样品结果构分析放在一起对比时,观测样本间的变化;
图1.1 多样本物种分布
四、样本要求
DNA总量:〉200ng;浓度:〉20 ng/μL;260/280: 1.8~2.0