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Factor Xa 蛋白酶的常见切割位点位于Ile-Glu/Asp-Gly-Arg 序列中的精氨酸残基之后。有时由于蛋白质底物构象的变化，Factor Xa蛋白酶也可能于其它碱性氨基酸残基处发生切割。在这些已经测序的氨基酸残基中，最常见的次级识别位点是Gly-Arg序列。在 E.coli 中不稳定的蛋白质和被Factor Xa在次级识别位点切割的蛋白质之间似乎存在某种相关性；这似乎表明这些蛋白是处于部分未折叠的状态（Walker, I., Riggs, P.，该实验结果未发表）。Factor Xa 蛋白酶不切割识别序列后是脯氨酸或精氨酸的识别位点。