随着基因表达谱测序技术的广泛应用,对总RNA进行高通量、快速的质量分析之需求亦随之产生。低质量的总RNA常会导致不好的实验结果。
琼脂糖凝胶电泳是传统的RNA检测方法,但是此种方法不可靠,费力且速度慢,同样,用于检测总RNA的芯片实验设备亦缺乏检测灵敏度。与上述传统RNA检测技术相比, Fragment AnalyzerTM系统具有快速、省时省力,且灵敏度高、精确,成本低的优势。 而且Fragment AnalyzerTM可以对总RNA同时进行定性和定量分析,大大减少人工操作时间。
2.Fragment AnalyzerTM 系统用于RNA分析的优势
u 高通量,适应基因表达谱分析需要
u 全自动,分离胶和样品自动上样
u 运行成本低,无需芯片
u 运行时间短,50min内完成12或96个RNA样品的检测
u 灵敏度高,RNA最低检测下限为5ng/μl
u 可同时对RNA样品进行定性和定量,并计算18S和28S的量和比例,不同颜色显示,结果更直观
u 配套总RNA/mRNA分析试剂盒
3.Fragment AnalyzerTM与传统芯片手工方法RNA分析比较
Fragment AnalyzerTM实验流程
1.平衡所有试剂至常温
2.配制胶液-染料混合液
3.向96孔板中加入2μl ladder/待测样品
4.再向其中加入18μl marker 稀释液
5.将96孔板离心,并在1h使用
6.将96孔板放入仪器,并插入buffer tray
7.启动仪器,开始检测
8.分析结果
9.生成报告
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传统芯片手工方法
1.取出芯片
2.安装芯片底座
3.芯片去电极
4.平衡所有试剂至常温
5.过滤、分装凝胶并4℃避光保存
6.配制胶液-染料混合液,并于1天内使用
7.将芯片孔中加入9μl胶液
8.从底座上取下芯片
9.吸取9μl胶——染料混合物的至chip或更多的孔
10.吸取5μl marker 至每个样品孔及ladder 孔
11.吸取1μl ladder/样品至相应的孔
12.将芯片至于涡旋振荡器上
13.振荡60s
14.将芯片放入仪器(在5min内完成)
15.启动仪器
16.分析结果
17.生成报告
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4.Fragment AnalyzerTM 系统RNA分析相关参数(带*是使用RNA ladder作为样品所得结果)
Specification
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description
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样品需要量
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2μl
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样品总量(每运行一次)
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12或96
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总运行时间
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50min(使用33cm eff/55cm 列阵)
70min(使用55cm eff/80cm 列阵)
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片段大小检测准确度*
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±10%
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片段大小检测精确度*
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±10%RSD
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检测极限(S/N>3)
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5ng/μl
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定量范围
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5ng/μl-500ng/μl
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定性范围
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25ng/μl-500ng/μl
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定量准确度*
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±10%
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定量精确度*
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±10% RSD
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5. Fragment AnalyzerTM 系统RNA分析应用示例
图1:Fragment AnalyzerTM系统下不同浓度的总RNA分离(左)和数字凝胶成像图(右)
图2:Frament AnalyzerTM系统:小鼠肝脏总RNA检测结果,同时系统给出RNA的浓度,28S /18S 的比例,以及RNA质量系数。
(28S蓝色,18S粉红色)
图3:Frament AnalyzerTM系统:不同浓度的mRNA分离(左)和数字凝胶成像图(右)