来宝网 2015/3/5点击1432次
在2015年1月份美国圣地亚哥举办的植物和动物基因组学大会（Plant and Animal Genome，PAG）上，咖啡基因组的研究成为热点。来自哥伦比亚国家咖啡研究中心的科学家们提出一项新的计划，鉴定分析咖啡基因组中的遗传元件，用于帮助种植户培育更好适应气候变化的新品种。
咖啡的产量最近几年波动很大，咖啡叶锈病在拉丁美洲流行，已造成超过10亿美元的经济损失。科学家们认为，是气候变化造成咖啡作物对虫害和病害愈发敏感。咖啡研究中心工作人员与PacBio公司合作，使用第三代测序技术对小果咖啡卡杜拉品种（Coffea arabica cv. Caturra）进行长片段测序，已获得60×的数据，并得到组装后的基因组序列。
科学家们正计划用另一种咖啡（C. eugenioides）基因组的高质量测序数据验证得到的组装结果。C. eugenioides 的测序数据是由Rohe454和illumina公司二代测序仪共同完成的。
科学家团队希望这项工作能够极大提高对咖啡遗传特性和基因组的认识和理解，培育出更有抗性和更健康的咖啡作物品种。
以上测序研究工作使用到了美国Sage公司的BluePippin长片段基因组DNA回收系统，用于测序建库工作。基因组测序组装要求建库阶段拿到长度均一的DNA片段，用于下一步的测序工作。每次测序实验要求的DNA片段长度都有不同，根据模板、测序仪平台以及具体实验要求等因素来确定，比如二代测序可能会要求片段长度控制在180bp、270bp、400bp、600bp不等，而三代测序则会要求片段长度更长，比如5kb、10kb、20kb等。传统方法是使用切胶回收或者磁珠法回收特定大小的DNA片段，但其重复性、准确性都不能充分满足高通量测序的实验要求，影响实验效率、组装结果，以及实验成本。美国SageScience公司开发的Pippin系列全自动核酸片段回收设备能够有效解决这些问题，并已有大量的文献验证。Sage公司现已开发出四款产品：PippinPrep、Blue Pippin、Sage ELF、Pippin HT，用以满足不同类别客户的需求。在欧美，Pippin系列设备已逐渐成为测序实验室标准配置，并被illumina、Lifetech、PacificBio的测序仪生产厂家直接推荐。在国内，Sage设备也已开始大量装备各级别测序实验室，广受客户欢迎。
环亚生物科技有限公司（APG Bio Ltd.）是Sage Science公司全线产品的中国区独家总代理（包含香港等区域），负责产品的市场推广、技术支持、售后服务、试剂盒供应等工作，全力支持中国客户提升测序工作效率。
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