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不管是多功能酶标仪还是全波长酶标仪，它们基于滤光片系统相比基于单色器系统更能让实验者完成更多的试验，两个系统相比较而言，多功能酶标仪的医疗器械基于滤光片系统所具有的优势有很多，具体内容如下所示：
多功能酶标仪光学滤光片的特性是拥有中间检测波长和带宽，这两个参数是固定的，并决定哪一个是激发光滤光片，哪一个可以做为样品端的发射光滤光片。基于滤光片系统的（洗板机）微孔板多功能全自动酶标仪也拥有自己的检测优势。
首先滤光片系统价格较为便宜，同时在光源方面，要想得到相同的检测灵敏度，并不需要很强的光源。
其次，多功能酶标仪的滤光片系统的检测灵敏度高，在其它条件相同的情况下，滤光片系统的灵敏度高于单色器系统。滤光片系统可以更有效的将光线的能量传递到样品，同时还可以有效的防止激发光通道和发射光通道的交叉污染。因此就造成一个看似矛盾的情况，滤光片系统虽然价格便宜却能得到更好的检测灵敏度。jjymafwh
滤光片系统的第三个方面的优势是带宽的可选择性。针对不同的检测，可以选择相应的带宽来达到最好的检测灵敏度，其带宽的选择范围由5nm至超过100nm，0.5-1nm步进。而单色器系统的带宽是固定且无法选择大小的。因此假设我们要检测一些表面荧光素，这些荧光素的信号较弱，由于滤光片可以选择相对宽的带宽因此可以进行AlphaScreen等需要宽带宽的检测分析。  
滤光片系统的另外一个优势就是滤光轮可以进行快速的滤光片切换，因此可以进行快速的双波长检测，例如典型的离子通道荧光比例分析等。在这样一类实验分析中，实验人员需要监测两种荧光信号，其中一种信号做为校正信号。这种实验所涉及的反应非常快速，需要自动进样装置相配合，而分析的全部动态过程都要检测两个波长的荧光信号，并在几秒钟内完成全部检测过程。典型的滤光片系统可以在瞬间完成波长的转换，因此大多数的高通量微孔板多功能酶标仪都配备有双滤光片系统和检测系统来完成这方面的分析。而对于基于单色器系统的微孔板多功能酶标仪则不能完成这种比例分析和快速的波长转换。另外一个区别是，所有的基于滤光片系统的微孔板多功能酶标仪在完成此类实验的时候都可配备有自动加样系统，而许多的单色器系统则不配有注射器。类似的实验例如闪光化学发光检测实验也需要自动试剂加样系统。
化学发光检测也最后证明了滤光片系统的微孔板多功能酶标仪的一点优势：光线的透过率高。这是由于对于双单色器系统来说，大量的光信号在波长选择和传递中丢失了，因此检测能够检测到的信号不足。为此很多基于单色器系统的系统地通常不经过单色器，将化学发光的信号直接从样品采集到检测器。对于辉光ATP和Luciferase的这类整体光信号分析实验来说，不需要对光进行筛选，所以可以得到良好的实验结果。而对于一些需要在发射光进行筛选的发光实验：比如生物发光能量共振转移(BRET,BTET2)或酶饱和度分析等试验中，实验人员需要进行双波长的分析，这类分析就无法在单色器系统上完成，除非其配有特殊的检测发光的滤光片系统。
以上详细解释了多功能酶标仪这种医疗器械基于滤光片的系统相比基于单色器系统的原因，实际上滤光片系统应用更广，因为它可以让实验者完成更多的试验。