干货 | 你对“全能选手”DNase I 了解多少？
来宝网 2022/4/14点击2256次
干货 | 你对“全能选手”DNase I 了解多少？
脱氧核糖核酸酶I（Deoxyribonuclease I, DNase I），是一种可以消化单链或双链DNA的非特异性核酸内切酶。它能够水解磷酸二酯键，产生含有5'-磷酸基团和3'-OH基团的单脱氧核苷酸和寡脱氧核苷酸。DNase I最佳的工作pH范围是7-8，其活性依赖于Ca2+，并可被二价金属离子如Mn2+，Mg2+，Zn2+等激活。在Mg2+存在条件下，DNase I 随机剪切双链DNA的任意位点；Mn2+存在条件下，DNase I可在同一位点剪切DNA双链，形成平末端，或1-2个核苷酸突出的粘末端。
图1：DNase I在Mg2+以及Mn2+存在下可切割dsDNA原理图常见的DNase I主要从牛胰腺中纯化或为重组酶。与从牛胰腺中纯化的DNase I相比，重组酶来源的内源性RNase水平相对较低或者能够制备成无RNase产品形式，更适合对RNase敏感的应用，如从RNA样品中去除DNA。提到应用，DNase I除了大家熟知的用于维护RNA完整性相关实验，如提取不含DNA的RNA，反转录前制备无gDNA的RNA模板以及体外转录后降解DNA模板外，还可用于rRNA去除中消化DNA探针，缺口平移进行DNA标记，足迹法分析DNA-蛋白质相互作用，生成随机的DNA文库，减少细胞裂解物或蛋白提取物的粘性，在细胞培养过程中作为添加物来消化细胞间的粘连，在细胞凋亡TUNEL检测中部分剪切基因组DNA作为阳性对照等。综上所述，DNase I几乎可用于任何需要酶切DNA的应用中。下面小编简单介绍几种常见的应用。RNA作为实验室常研究的样本，其质量的高低很大程度上会直接影响实验数据的质量。一般在RNA提取过程中无法完全避免gDNA残留，因此，在进行具有挑战性的下游应用（例如mRNA表达量分析，转录组分析等）之前，通常建议对RNA样本进行DNase I处理，消化残留的gDNA。消化gDNA步骤可以在RNA提取期间、RNA提取后或者RNA反转录之前进行。 | | |
| TRIeasyTM 总RNA提取试剂（同Trizol） | |
| MolPure® Cell/Tissue Total RNA Kit 细胞/组织总RNA提取试剂盒 | |
| MolPure® Plant Plus RNA Kit 多糖多酚植物RNA提取试剂盒 | |
| MolPure® Viral DNA/RNA Kit 病毒DNA/RNA提取试剂盒 | |
| Recombinant DNase I (RNase-free) | |
| Hifair® Ⅲ1st Strand cDNA Synthesis SuperMix for qPCR (gDNA digester plus) | |
| Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Master Mix | |
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| Hieff Canace® Plus High-Fidelity DNA Polymerase高保真酶 | |
| Hieff Clone® Universal One Step Cloning Kit 无缝克隆试剂盒 | |
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| Hifair® T7 High Yield RNA Synthesis Kit | |
| UCF.ME® T7 RNA Polymerase GMP-grade（50 U/μL） | |
| T7 RNA polymerase (50 U/μL) | |
| NTP Set Solution (ATP, CTP, UTP, GTP, 100 mM each） | |
| UCF.ME® Pyrophosphatase,Inorganic GMP-grade | |
| UCF.ME® Murine RNase inhibitor GMP-grade | |
| UCF.ME® Deoxyribonuclease I (DNase I) GMP-grade | |
| UCF.ME® mRNA Vaccinia Capping Enzyme GMP-grade | |
| UCF.ME® mRNA Cap 2´-O-Methyltransferase GMP-grade | |
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| S-adenosylmethionine (SAM)（32mM） | |
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1.提取Total RNA；
2.单链DNA探针和rRNA分子杂交结合（注：需要设计与合成rRNA 特异性单链 DNA 探针）；
3.RNase H降解杂交的rRNA；
4.DNase I降解DNA 探针；
5.rRNA被成功去除，剩下非rRNA的RNA模板。
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| Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) MaxUp核糖体RNA去除试剂盒(人/小鼠/大鼠) | |
| Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant) MaxUp核糖体RNA去除试剂盒(植物) | |
| Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit （rRNA & ITS/ETS） MaxUp核糖体RNA去除试剂盒（Human rRNA&ITS/ETS） | |
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| Recombinant DNase I (RNase-free) | |
1.先用适宜浓度的DNase I在待标记的双链DNA的每一条链上产生若干个单链缺口，缺口处形成3’羟基末端。
2.再用E.coli DNA Polymerase I的5’→3’外切酶活性从缺口处5’端切除一个核苷酸，同时E.coli DNA Polymerase I的5’→3’聚合酶活性将一个带标记的核苷酸引入到缺口的3'端，以修补缺口，随着缺口在DNA链上的移动，标记的核苷酸就掺入到新合成的DNA链中。
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| Deoxyribonuclease I (DNase I) from bovine pancreas | |
| Recombinant DNase I (RNase-free) | |
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1.将待检双链DNA分子进行单链末端标记。
2.将蛋白质和DNA混合后，加入适量的DNase I进行酶切，形成不同长度的DNA片段。该过程需要控制酶的用量，最好保证相邻的DNA片段只相差一个核苷酸，并列设置未加蛋白质的对照。
3.从DNA上除去蛋白质，将变性的DNA用PAGE电泳分离，放射自显影，与对照组相比后解读出足迹部位的核苷酸序列。
常见应用：转录调控蛋白通过与启动子区域结合来调控靶标基因的转录。相关实验：凝胶阻滞实验（EMSA）。EMSA可以确定蛋白是否与DNA直接结合，而DNase I足迹法分析实验则可以精确鉴定其结合的DNA序列。
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| Deoxyribonuclease I (DNase I) from bovine pancreas 脱氧核糖核酸酶I，来源于牛胰腺（CAT#10607，10608） | | 主要应用于蛋白质研究: 从蛋白制备物中去除 DNA。 |
| Recombinant DNase I (RNase-free)（CAT#10325） | | 适用于各种应用：从 RNA 和蛋白制备物中去除 DNA，如对RNase敏感的cDNA文库或用于RT-PCR实验样品制备。 |
| UCF.ME® Deoxyribonuclease I (DNase I) GMP-grade（CAT#10611） | 无RNase残留，GMP药用级别。采用药用规格原辅料生产，符合GMP规范的产品生产与质量管理规程保障生产过程及所有原辅料可追溯。 | 适用于各种应用：从 RNA 和蛋白制备物中去除 DNA，如对RNase敏感的cDNA文库或用于RT-PCR实验样品制备。 |
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