来宝网 2020/4/5点击1535次
精品推荐|RNA文库建的好，轻松完成转录组测序分析不是梦
常规转录组测序（RNA-Seq）主要是在转录水平上对逆转录的cDNA进行NGS测序，这样可以全面快速地获取某一物种在某一状态下的几乎所有转录本，包括mRNA和非编码RNA。目前转录组测序主流的方法是芯片法和RNA-Seq法。
RNA-Seq相较于芯片法优势明显，如：
不受物种限制
通量高
灵敏度高
分辨率高
同时能够检测未知基因，发现新的转录本并准确地识别可变剪切位点及SNP、UTR区域等。
此次新冠疫情全球爆发，溯源工作主要是依靠这种方法。
图1 常规RNA-Seq建库流程
精品推荐
mRNA建库试剂盒（适用Illumina平台&MGI平台）
样本适用范围广：耐高温，适合复杂模板mRNA建库；
片段化可控： 片段大小均可选择合适的打断条件；
文库质量优异：多样本类型测试，结果均能满足不同客户需求；
测序质量优异： rRNA 残留更低，有效数据占比更多。
图2. RNA-Seq双平台建库精品
产品特色
特色1. 精简建库流程
RNA-Seq建库流程将常规的二链cDNA合成、末端修复和接头连接合并为一步，建库流程更精简，节约时
间1.5 h左右，满足快速建库需求。
图3 .常规建库流程
图4.12300、13331建库流程
特色2. 耐高温的第四代逆转录酶
采用耐高温的第四代逆转录酶，对温度的耐受性高达60℃，有利于RNA模板二级结构的打开，更利于逆转录的进行。同时去除RNase H活性，大大避免了逆转录过程中RNase H对RNA-DNA杂交分子的RNA降解，提升反转录效率。
图5 .YEASEN第四代逆转录酶与常规MMLV逆转录酶优势对比
特色3.优异的测序数据
链特异性文库测序有超过98.5%的Reads比对到正义链。同时链特异性文库的 Ambiguity reads更少，基因表达定量更准确。
客户案例分析
图6 .链特异性建库测序质量分析
案例分析
样本信息：human、Rat、Watermelon
试剂盒：MaxUpⅡ Dual-mode mRNA建库试剂盒（12300）
测序类型：NovaSeq (PE 150)
测序数据：如下表
测序结果分析：MaxUpⅡ Dual-mode mRNA试剂盒测序数据质量优异，有效数据占比高。
表1. 转录组测序数据展示
human | rat | watermelon | |
Total reads | 27002948 | 46433810 | 32042644 |
Mapped reads | 26591411(98.48) | 45579533(98.16) | 31555907(98.48) |
mapped(non-unique) | 785559(2.91) | 2574310(5.54) | 693893(2.17) |
mapped(unique) | 25805852(95.57) | 43005223(92.62) | 30862014(96.32) |
Read-1 | 12931060(47.89) | 21560058(46.43) | 15464666(48.26) |
Read-2 | 12874792(47.68) | 21445165(46.18) | 15397348(48.05) |
Reads map to'+' | 12889843(47.73) | 21487890(46.28) | 15422784(48.13) |
Reads map to'-' | 12916009(47.83) | 21517333(46.34) | 15439230(48.18) |
Non-splice reads | 17278055(63.99) | 29192112(62.87) | 18829168(58.76) |
Splice reads | 8527797(31.58) | 13813111(29.75) | 12032846(37.55) |
Reads mapped in proper pairs | 25055676(92.78) | 41732426(89.88) | 29825204(93.08) |
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试剂类别 | 产品名称 | 货号 | 规格 | 目录价/元 | 促销价/元 |
Illumina平台 RNA建库 | Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for Illumina® MaxUp II 双模式mRNA 建库试剂盒 | 12300ES08/16/96 | 8/16/96 T | 3872/9872/33872 | 2517/6417/22017 |
华大MGI平台 RNA建库 | Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI® MaxUp II 双模式mRNA建库试剂盒 | 13331ES16/96 | 16/96 T | 8752/36852 | 5689/23954 |
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