来宝网 2017/5/31点击2783次
Hieff NGSTM DNA Selection Beads
1. 研发背景
进口磁珠用量大，价格高，实验难以开展？
翊圣DNA分选磁珠，您值得信赖
DNA 片段纯化与分选是高通量测序中文库制备的必要步骤。传统DNA 片段纯化与分选主要采用切胶回收方式，操作繁琐，通量低，无法满足日益增长的高通量测序市场的需求。新型磁珠技术的出现，打破了传统技术的缺陷，实现了简单化以及自动化操作。目前，市场中磁珠类产品以AMPure XP为代表，性能优异，但其高昂的价格带来的生产成本的提高，也令许多测序公司感到巨大的压力。
翊圣生物科技公司，以需求和服务为导向，秉承“Good Science, Good Products”理念，依托来自国内一线科创新研院所研发人员组成的强大科研团队，遍访世界探寻最优质的试剂与原料，历经无数次的体系优化与实验验证，开发出可无缝替代AMPure XP的产品——Hieff NGSTM DNA Selection Beads。
2. 产品描述
完美替代AMPure XP Beads
Hieff NGSTM DNA Selection Beads是基于SPRI（Solid Phase Reversible Immobilization）原理制备，具有优秀的分选能力和超强的纯化效率。在操作方法，大小分布和文库产量方面均与AMPure XP Beads高度一致，是高通量测序文库构建的必备产品。此外，翊圣生物具有严格的生产工艺，保证提供的每批次产品都经过严格的质量控制和功能验证，最高程度保障产品优异性能与批间稳定性。
1）精准分选
图1 Hieff NGSTM DNA Selection Beads可精确地分选所需的DNA， 片段
样本：片段化大肠杆菌基因组DNA。检测仪器：Agilent 2100 Bioanalyzer。
2）高效回收
图2 Hieff NGSTM DNA Selection Beads可高效回收文库产物
在相同分选条件下（1：0.60×/0.20×；2：0.55×/0.15×），Hieff NGSTM DNA Selection Beads的DNA回收产量与AMPure XP Beads表现一致。
3）文库构建
图3 Hieff NGSTM DNA Selection Beads进行文库构建
Agilent 2100 Bioanalyzer检测结果显示：在相同分选条件下，Hieff NGSTM DNA Selection Beads与AMPure XP Beads所得到的文库大小一致。建库样本: 大肠杆菌基因组DNA。
4）操作便捷
图4 Hieff NGSTM DNA Selection Beads操作方法与AMPure XP Beads完全一致
5）优异性价比
图5 Hieff NGSTM DNA Selection Beads与其他品牌同款产品价格比对
3. 产品应用
高通量测序DNA 片段的纯化和分选。PCR或酶切DNA产物的纯化。
4. 产品使用案例
1）案例一
实验一：分别用AMPure XP磁珠和Yeasen Hieff磁珠以1.2×体系回收起始量为20 μL（2.5 ng/μL）的20 bp DNA ladder（20DL），并最后溶于20 μL体系，以起始20DL为对照，使用Agilent Bioanalyzer 2100对比检测片段分选效果。
结果：见图6。
结论：Yeasen Hieff磁珠和AMPure磁珠对片段的分选能力一致，回收能力一致。
图6 20DL Agilent 2100检测图
红线为等量对照组20DL，蓝线为AMpure XP磁珠回收产物，绿线为Yeasen Hieff磁珠回收产物。
实验二：分别用AMPure XP磁珠和Yeasen Hieff磁珠以0.6×/1.8×体系回收起始20 μL（2.5 ng/μL）的gDNA，并最后溶于20 μL体系，以起始gDNA为对照，使用Agilent Bioanalyzer 2100对比检测大片段分选效果。
结果：见图7。
结论：Yeasen Hieff磁珠和AMPure磁珠对片段的分选能力一致，0.6×/1.8×片段回收能力AMPure相对Hieff磁珠稍高。
图7 gDNA Agilent 2100检测图
红线为等量对照组gDNA，蓝线为AMpure XP磁珠回收产物，绿线为Yeasen Hieff磁珠回收产物。
2）案例二
实验：按照Agilent SureSelect Target Enrichment System 标准建库步骤进行二代测序文库的构建，分析AMPure XP磁珠和Yeasen Hieff磁珠在建库过程中的表现。使用磁珠的步骤分别为：1）基因组打断后的纯化；2）片段补平反应后纯化；3）3’加A后样品的纯化；4）加Adaptor后样本的纯化；5）文库PCR后样本的纯化；6）文库杂交捕获后进行文库的wash, 加Index并进行文库PCR以后样本的纯化。
样本：人外周血DNA，片段长度约150 bp。
文库定量：Qubit 3.0 Syetem。
结果：见表1。
结论：Yeasen Hieff磁珠与AMPure XP磁珠均可有效建库。根据前期经验值判断，Hieff磁珠性能甚至优于AMPure XP。
表1 文库定量结果
文库PCR后定量（ng/μL） | 杂交捕获后文库PCR后定量（ng/μL） | 二代测序的种类 | Yeasen Hieff磁珠 | AMPure XP磁珠 |
31.6 | 4.72 | 全外显子测序 | 是 |
|
54.4 | 5.16 | 全外显子测序 | 是 |
|
82 | 1.59 | Panel测序 |
| 是 |
60 | 2.95 | Panel测序 |
| 是 |
58.8 | 2.62 | Panel测序 |
| 是 |
71 | 1.79 | Panel测序 |
| 是 |
74.8 | 1.49 | 全外显子测序 |
| 是 |
60.2 | 2.68 | 全外显子测序 |
| 是 |
48.6 | 1.39 | 全外显子测序 | 是 |
|
52.2 | 2.63 | 全外显子测序 | 是 |
|
46.6 | 1.9 | 全外显子测序 | 是 |
|
61 | 1.96 | 全外显子测序 |
| 是 |
3）案例三
实验：针对同一样本进行50 μL体系扩增，将扩增产物平均分为两份，分别使用Yeasen Hieff磁珠和AMPure XP磁珠进行纯化并建库上机测序。利用标准的生物信息学分析流程，针对测序结果分析比较两种磁珠的使用效果。
样本：微生物宏基因组，命名为CK。
结果：如图8所示，使用Yeasen Hieff磁珠和AMPure XP磁珠获得相同的测序数据量；如图9所示，使用Yeasen Hieff磁珠和AMPure XP磁珠获得一致的样本微生物门属水平分布。
结论：Yeasen Hieff磁珠和AMPure XP磁珠在二代测序建库中使用，性能一致。
图8 测序数据量图谱
CK1为使用AMPure XP磁珠，CK2为使用Yeasen Hieff磁珠。
图9 样本中微生物种属及丰度分布
CK1为使用AMPure XP磁珠，CK2为使用Yeasen Hieff磁珠。
4）案例四
实验：应用Yeasen Hieff磁珠于全基因组文库构建，根据所得文库的产量与质量，分析Yeasen Hieff磁珠性能。
样本：WGC Sample
建库试剂盒：Illumina Truseq Nano DNA Library Prep Kit
仪器：Agilent Bioanalyzer 2100和Qubit 3.0 Syetem
表2 实验样本信息
Product | WGC Library ID | DNA Adapter Index |
Hieff NGSTM DNA Selection Beads | GCL030026-3 | 3 |
GCL030032-3 | 8 |
结果：所得文库使用Bioanalyzer和Qubit检测其质量和浓度。由表3，所得文库浓度分别为5.42 ng/μL和5.88 ng/μL；由图10，两份样本所得文库均为单一条带，无杂峰，片段大小符合测序要求。
结论：Yeasen Hieff磁珠应用于文库构建中，性能卓越。
表3 文库定量结果
WGC Library ID | Qubit Conc.（ng/μL） |
GCL030026-3 | 5.42 |
GCL030032-3 | 5.88 |
图10 文库Agilent Bioanalyzer 2100检测图
5. 目前在用单位
主要有：中国科学院生物物理研究所，中科院上海生命研究院，暨南大学，上海交通大学，武汉大学，中山大学，华中农业大学，江汉大学等多家单位。
6. 参考文献举例
【1】DeAngelis M M, Wang D G, Hawkins T L. Solid-phase reversible immobilization for the isolation of PCR products[J]. Nucleic acids research, 1995, 23(22): 4742.
【2】Fisher S, Barry A, Abreu J, et al. A scalable, fully automated process for construction of sequence-ready human exome targeted capture libraries[J]. Genome biology, 2011, 12(1): R1.
7. 常见问题
Q1：产品的原理是什么？
A1：产品是基于SPRI（Solid phase reverse immobilization）原理制备的，其在特定条件下，可选择性吸附不同片段大小的DNA。亲和吸附分选
Q2：产品的主要应用是什么？
A2：产品主要应用于高通量测序DNA 片段的纯化和分选。对于PCR或者酶切DNA产物的纯化也可以使用，可以有效去除dNTP，引物，引物二聚体，盐离子等杂质。
Q3：产品可以重复使用吗？
A3：产品不可以重复使用，乙醇洗脱步骤将影响磁珠表面活性基团性能。
Q4：与AMPure XP相比，怎么样？
A4：我们的产品是国内同类产中最好的，制备原材料完全进口，可以完美替代AMPure XP Beads。在使用方法，文库大小分布和回收效率上，与AMPure XP Beads完全一致，您可以直接按照AMPure XP Beads的操作方式使用，无需摸索条件。
Q5：DNA回收效率低。
A5：可能原因：DNA与磁珠比例不满足分选要求；乙醇浓度低。80%乙醇需现用现配，放置时间过久，可能由于乙醇挥发，造成浓度降低，影响洗脱效果；洗脱溶液体积不足；洗脱溶液孵育时间过短；磁珠过度干燥。
建议：按照分选推荐比例添加磁珠；80%乙醇现用现配；洗脱溶液需完全覆盖磁珠；磁珠应于洗脱液中按规定时间孵育，常规为5分钟；切勿室温干燥磁珠大于10分钟，过度干燥将降低洗脱效率。
Q6：纯化后DNA在后续实验中表现不理想。
A6：由乙醇残留引起。确保在最后一步洗涤结束后，溶液中无残留乙醇。磁珠可于室温干燥5-10分钟，使乙醇完全干燥。
Q7：纯化DNA中有磁珠残留。
A7：可能原因：磁珠分离时间过短或磁力器磁力较弱；洗脱步骤中，吸取上清速度过快。
建议：增加分离时间或选用磁力强的磁力器，确保磁珠被磁力器全部吸附；缓慢吸取上清，注意切勿吸取磁珠。
8. 订购信息
产品 | 货号 | 规格 | 目录价格（元） |
Hieff NGSTM DNA Selection Beads（Superior AMPure XP alternative） | 12601ES03 | 1 mL | 296.00 |
12601ES08 | 5 mL | 986.00 | |
12601ES56 | 60 mL | 6286.00 | |
12601ES75 | 450 mL | 26186.00 |
9. 相关产品
高通量测序文库制备中，您还可能用到这些产品
产品 | 货号 | 规格 | 目录价格（元） |
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10224ES02 | 5×100 μL | 2118.00 | |
10224ES03 | 10×100 μL | 3848.00 | |
10224ES04 | 1×1 mL | 3768.00 | |
Picogreen dsDNA Assay Kit 双链DNA（dsDNA）定量检测试剂盒 | 10225ES84 | 2000 T | 4238.00 |
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12201ES96 | 96 libraries | 17626.00 | |
Hieff NGSTM mRNA Library Prep Kit for Illumina | 12301ES24 | 24 libraries | 9756.00 |
12301ES96 | 96 libraries | 32856.00 | |
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12602ES08 | 5 mL | 1066.00 | |
12602ES56 | 60 mL | 4266.00 | |
12602ES75 | 450 mL | 38566.00 | |
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12603ES96 | 96 T | 2266.00 | |
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Hieff NGSTM Fast-Pace End Repair/dA-Tailing Module | 12608ES24 | 24 T | 2066.00 |
12608ES96 | 96 T | 6166.00 | |
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Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina, Set 1 | 12611ES24 | 24 T | 1166.00 |
12611ES96 | 96 T | 4366.00 | |
Hieff NGSTM Single-Indexed Adapter Kit for Illumina, Set 2 | 12612ES24 | 24 T | 1166.00 |
12612ES96 | 96 T | 4366.00 | |
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2×Hieff CanaceTM High-Fidelity PCR Master Mix | 12620ES03 | 1 mL | 526.00 |
12620ES08 | 5×1 mL | 1426.00 |
更多产品敬请详询400-6111-883或登陆http://www.yeasen.com/
