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CUT&RUN技术丨EpiNext CUT&RUN快速套件方案

来宝网 2021/10/20点击1265次

 

我们知道,基因表达可以通过许多不同的机制进行调节,包括转录因子、组蛋白和其他DNA结合蛋白。绘制出DNA和蛋白质之间的相互作用图谱,对于理解基因激活或抑制以及其他细胞过程至关重要。

 

传统上,可以通过进行染色质免疫沉淀和测序(ChIP-seq)来分析这些相互作用。但是这种方法需要大量的起始材料才能产生足够强的信号以消除背景噪声,并且经常返回假阳性信号。同时,ChIP-seq还需要优化的超声处理来破碎染色质,这可能非常耗时并可能导致样品损失。

 

在最近的一项研究中,佛罗里达大西洋大学和国家糖尿病、消化和肾脏疾病研究所的科学家们利用CUT&RUN技术建立了一个功能性全基因组图谱,该图谱是一种称为缺氧诱导因子的蛋白质复合物的特异性结合位点HIF1α,位于人眼的晶状体中。该团队表示选择CUT&RUN而不是ChIP-seq分析,是因为前者不需要DNA-蛋白质交联。此外,与ChIP-seq相比,前者成功实验所需的细胞计数极低。

 

在该实验中,CUT&RUN技术得以成功的应用,有助于接下来的大量研究,重点是了解某些蛋白质可能对基因表达的作用。

 

艾美捷 EpiGentek EpiNext CUTRUN快速套件,以优惠价格从低输入提供无超声破碎,以可靠地识别真正的目标蛋白质富集区域并实现高分辨率定位。可满足用户快速富集蛋白质结合的DNA并绘制全基因组蛋白质/DNA相互作用的图谱的需求。

 

EpiNext CUTRUN快速套件 结果展示:

 

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来源:https://www.amyjet.com/featured/cutrun-2.shtml

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CUTRUN——检测蛋白-DNA相互作用的强大通用技术

 

CUTRUN(核酸酶靶向切割和释放)是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA相互作用的强大通用技术。这种测定方法可用于检测与基因组某个特定区域有关的多种蛋白,或相反,用于检测与某种特殊蛋白有关的基因组的多个区域。

 

此外,CUTRUN技术可用于明确某种特殊蛋白-DNA相互作用的空间和时间关系。例如,CUTRUN技术可用于确定各种蛋白因子被募集到某个基因启动子上的特定顺序,或用于“测定”基因激活期间整个基因位点上某种特殊组蛋白修饰的相对量。除了组蛋白,CUTRUN技术还可用于分析转录因子和辅因子结合、DNA复制因子和DNA修复蛋白的结合。

 

尽管染色质免疫沉淀(ChIP)的数据读取技术在不断地发展,但是其DNA富集的方法中存在的缺点却没有很好的改善。CUT&RUNCleavage Under Targets and Release Using Nuclease)作为表观遗传学的研究的一种新型技术方法,对传统的方法进行了重大的修改,以消除ChIP固有的缺点。

 

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CUT&RUN原理图:

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来源:https://www.amyjet.com/featured/cutrun-2.shtml

 

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ChIP无法做到的,CUT&RUN技术来帮你

 

CUTRUN技术提供了一种检测细胞中蛋白-DNA相互作用的快速、可靠且真正的低细胞数测定法。与ChIP实验不同,CUTRUN不存在甲醛交联、染色质碎裂和免疫沉淀,使之成为一种使蛋白-DNA相互作用富集和检测靶基因的更快且更有效的方法。

 

CUTRUN可在一天之内完成从活细胞到纯化DNA的过程,且经证明每次检测只需使用少至500-1000个细胞。和ChIP中碎裂所有细胞染色质不同,CUTRUN利用一种染色质抗体靶向消化方法,从而使背景信号比ChIP实验低得多。

 

因此CUTRUN仅需ChIP-seq检测所需测序深度的1/10.最后,加入简单的Spike-in DNA即可准确定量和标准化靶标蛋白结合,而这是ChIP方法无法实现的,这种方法可有效标准化样品间和实验间的信号。

 

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EpiNext CUTRUN快速套件用于快速富集特定DNA,并与来自低输入细胞/染色质的蛋白质(组蛋白或转录因子),并在体内识别或定位使用Illumina平台或其他方法通过下一代测序进行蛋白质-DNA相互作用,如作为qPCR。创新的工作原理、优化的协议和套件组件允许以最小化的非特异性背景水平捕获目标蛋白质/DNA复合物。这个捕获的DNA特别适合于构建非条形码(单复合)和条形码(多路复用)文库以较少的偏差和较高的速度映射目标蛋白质-DNA相互作用区域高分辨率。

 

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图:使用EpiNext™ 切断并运行快速试剂盒,对照抗体捕获组蛋白DNA复合物(H3K9me3)来自从Hela细胞分离的1 ug染色质,用于DNA文库制备。290 bps左右的峰值反映了单核小体(150 bps)。

 

来源:https://www.amyjet.com/featured/cutrun-2.shtml

 

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ChIP更精准高效的蛋白质-DNA互作技术丨EpiNext CUTRUN快速套件

 

CUT&RUNCleavage Under Targets and Release Using Nuclease)在细胞内利用抗体靶向定位目标蛋白, 再由pA/G-微球菌核酸酶(Micrococcal nucleasel, MNase)对目标蛋白两端的DNA进行切割,从而将目标蛋白质-DNA复合物释放到细胞外。

 

作为ChIP的高效替代方案, CUT&RUN技术在蛋白质-DNA研究中将会被越来越广泛地使用。以下为CUT&RUNChip-seq对比图:

 

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图:分别对K-562细胞的H3K4me3H3K27me3所结合的DNA进行测序,用于ChIP的细胞数量为2000,用于 CUT&RUN的细胞数为50万。对测序结果进行分析,CUT&RUN有着卓越的灵敏度和信噪比,测序深度减少了10倍以上,细胞的需求减少了40倍。

 

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EpiNext CUTRUN快速套件包含执行测试所需的所有必要试剂从哺乳动物细胞或分离的细胞核/染色质开始成功切割和运行。在反应中,,细胞核是从细胞中分离出来的。靶蛋白DNA复合物与芯片级结合/捕获感兴趣的抗体。使用独特的核酸裂解酶混合物,染色质片段化,目标蛋白质/DNA复合物两端的DNA序列劈开/移除。同时,目标蛋白占据的DNA序列不受影响。然后纯化和洗脱靶蛋白结合的DNA。富集的DNA可用于用各种方法分析蛋白质与DNA的相互作用,特别是下一代测序。试剂盒中包括阳性对照抗体(抗H3K9me3),阴性对照非免疫IgG,和对照染色质,可用于证明试剂盒的有效性和现场性能PCR/生物分析仪步骤。

 

来源:https://www.amyjet.com/featured/cutrun-2.shtml

 

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MyBiosource中国区域总代理丨艾美捷科技丨ELISA试剂盒、重组蛋白

 

MyBiosource以提供高质量的产品,为研究人员和科学家提供一站式的生物试剂(如单克隆或多克隆抗体,重组蛋白或ELISA试剂盒),以最优惠的价格提供最广泛的产品选择。

 

MyBiosource简介:

MyBioSource公司成立于2006年,总部位于美国的加利福尼亚,致力于为生命科学研究提供一站式的产品和服务。MyBioSource拥有近200万种产品,覆盖领域广泛,包括ELISA试剂盒、重组蛋白和天然蛋白、单克隆和多克隆抗体、分子生物学产品等大量试剂,以及抗体和试剂盒定制等服务, MyBioSource众多选择满足您的所有实验需求。

 

艾美捷科技简介:

武汉艾美捷科技有限公司(AmyJet Scientific Inc),简称艾美捷科技(AmyJet            Scientific)。2010年底成立于九省通衢的湖北省武汉市,历经十多年的发展,已成为国内知名的集自主研发、进口试剂、实验室耗材销售、技术服务与合约开发为一体的专业化高科技生物企业。艾美捷科技总部位于武汉光谷国家级高新技术开发区,服务面向全国。

 

艾美捷与MyBiosource的关系:

作为MyBioSource在中国的区域总代理,艾美捷科技有限公司将为中国客户提供MyBioSource优质的产品与服务。下图为MyBioSource公司授权艾美捷科技有限公司(AmyJet Scientific Inc.)作为MyBioSource在中国区域的代理授权书:

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部分畅销产品:

   cat#                                名称

MBS282125     SLC26A5 elisa kit :: Human Prestin ELISA Kit

MBS760126     CA6 elisa kit :: Human Carbonic Anhydrase VI ELISA Kit

MBS024386     STMN1 elisa kit :: Mouse Stathmin 1 ELISA Kit

MBS669190     ACTH elisa kit :: Rat ACTH ELISA Kit

MBS2502683   ACTH elisa kit :: Rat ACTH ELISA Kit

MBS024386     STMN1 elisa kit :: Mouse Stathmin 1 ELISA Kit

MBS261027     CK elisa kit :: Mouse Creatine Kinase (CK) ELISA Kit

 

来源:https://www.amyjet.com/brand/MyBioSource.shtml

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MyBioSource丨艾美捷——一站式生命科学解决方案


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MyBioSourceELISA试剂盒、重组蛋白和天然蛋白、单克隆和多克隆抗体、分子生物学产品等大量试剂,以及抗体和试剂盒定制等。

 

研究类型:

 

1.试剂盒

 

1.1 ELISA试剂盒:检测物种齐全,包括人、小鼠、大鼠、牛、兔、鸡、猪、猴、山羊、绵羊、犬、豚鼠以及稀有的马、鱼、猫、仓鼠、驴、鸭、鸽子、骆驼、鹅、植物等。

 

1.2 CLIA试剂盒:将具有高灵敏度的化学发光测定技术与高特异性的免疫反应相结合,用于各种抗原、半抗原、抗体、激素、酶、脂肪酸、维生素和药物等的检测分析技术。通常选择 CLIA 试剂盒来定量复杂样品中的低浓度分析物。MyBioSource可提供1000多种CLIA试剂盒。

 

1.3 PCR试剂盒:MyBioSource可提供1000多种PCR试剂盒,用于传染病、动物病原体、肿瘤检测、遗传疾病以及监测与器官移植相关的病原体。许多试剂盒符合ISO13485CE标准,且与大多数品牌的实时PCR检测系统兼容。

 

2.抗体:单克隆抗体、多克隆抗体、二抗、抗体对、修饰性(例如磷酸化)抗体。

 

3.蛋白:重组&天然蛋白、多肽、抗原

 

4.生化试剂:盐类,缓冲盐,核苷酸等

 

5.基因克隆:cDNA克隆、siRNA

 

艾美捷科技是MyBioSource的中国代理商,为科研工作者提供优质的服务。


推荐仪器
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